Metrikler
Yayın
51
Açık Erişim
24
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Araştırma Alanları
Yapay Zeka, Bilgisayarda Öğrenme ve Örüntü Tanıma
Bilgisayar Öğrenimi
Sinirsel Ağlar
Biyoenformatik
Biyohesaplama
Yapısal Biyoloji
Biyoinformatik
Biyolojik Veritabanları
Biyoenformasyon
Biyolojik Modelleme
Akademik Faaliyetlere Dayalı Araştırma Alanları
Avesis Araştırma Alanları
WoS Araştırma Alanları
Scopus Araştırma Alanları
Akademik Ünvanlar / Görevler
2023 - Devam Ediyor
2023 - Devam EdiyorProf. Dr.
Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2021 - 2023
2021 - 2023Doç. Dr.
Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2019 - 2021
2019 - 2021Dr. Öğr. Üyesi
Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2019 - 2021
2019 - 2021Dr. Öğr. Üyesi
Hacettepe Üniversitesi, Bilişim Enstitüsü, Sağlık Bilişimi A.B.D.
2016 - 2019
2016 - 2019Öğretim Görevlisi Dr.
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enformatik Enstitüsü, Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı
2013 - 2016
2013 - 2016Araştırmacı
University of Cambridge, Clare Hall College
2013 - 2016
2013 - 2016Araştırmacı
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), UniProt Database, Protein Function Development Team
2008 - 2013
2008 - 2013Araştırma Görevlisi
İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Mühendislik Fakültesi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü
2005 - 2008
2005 - 2008Araştırma Görevlisi
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Gıda Mühendisliği Bölümü
Yönetimsel Görevler
2024 - Devam Ediyor
2024 - Devam EdiyorBAP Bilimsel Komisyon Üyesi
Hacettepe Üniversitesi, Rektörlük-B, Rektörlük-M
2021 - Devam Ediyor
2021 - Devam EdiyorAnabilim/Bilim Dalı Başkanı
Hacettepe Üniversitesi, Bilişim Enstitüsü, Sağlık Bilişimi A.B.D.
Makaleler
Tümü (46)
SCI-E, SSCI, AHCI (44)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (46)
Scopus (44)
Diğer Yayınlar (1)
2025
20251. Target-specific de novo design of drug candidate molecules with graph-transformer-based generative adversarial networks
Doğan T.
Nature Machine Intelligence
, cilt.7, sa.9, ss.1-17, 2025 (SCI-Expanded)
2025
20252. Mpox: disease manifestations and therapeutic development
Wang Y., Wang X., DOĞAN T., Sam-Agudu N. A., Al-Tawfiq J. A., Pan Q.
JOURNAL OF VIROLOGY
, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20253. Protein language models for predicting drug-target interactions: Novel approaches, emerging methods, and future directions
Unlu A., Ulusoy E., Yigit M. G., Darcan M., DOĞAN T.
CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY
, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20244. Design, synthesis, and evaluation of novel Indole-Based small molecules as sirtuin inhibitors with anticancer activities
BINARCI B., Kilic E. K., DOĞAN T., ATALAY R., KAHRAMAN D. C., BAYTAŞ S.
DRUG DEVELOPMENT RESEARCH
, cilt.85, sa.7, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20245. Mutual annotation-based prediction of protein domain functions with Domain2GO
Ulusoy E., DOĞAN T.
PROTEIN SCIENCE
, cilt.33, sa.6, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20246. An integrative framework for clinical diagnosis and knowledge discovery from exome sequencing data
Shojaei M., Mohammadvand N., DOĞAN T., Alkan C., Çetin Atalay R., ACAR A.
Computers in Biology and Medicine
, cilt.169, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20237. How to approach machine learning-based prediction of drug/compound–target interactions
Atas Guvenilir H., DOĞAN T.
Journal of Cheminformatics
, cilt.15, sa.1, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20238. Democratizing knowledge representation with BioCypher
Lobentanzer S., Aloy P., Baumbach J., Bohar B., Carey V. J., Charoentong P., et al.
Nature Biotechnology
, cilt.41, sa.8, ss.1056-1059, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20239. Transfer learning for drug-target interaction prediction
DALKIRAN A., ATAKAN A., Rifaioğlu A. S., Martin M. J., Atalay R. Ç., ACAR A., et al.
Bioinformatics (Oxford, England)
, cilt.39, sa.39, 2023 (Scopus)
2023
202310. SELFormer: molecular representation learning via SELFIES language models
Yüksel A., Ulusoy E., Ünlü A., DOĞAN T.
Machine Learning: Science and Technology
, cilt.4, sa.2, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
202311. ProFAB-open protein functional annotation benchmark
Özdilek A. S., ATAKAN A., ÖZSARI G., Acar A., ATALAY M. V., DOĞAN T., et al.
Briefings in bioinformatics
, cilt.24, sa.2, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
202312. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2023
Bateman A., Martin M., Orchard S., Magrane M., Ahmad S., Alpi E., et al.
Nucleic Acids Research
, cilt.51, sa.D1, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
202313. ASCARIS: Positional feature annotation and protein structure-based representation of single amino acid variations
Cankara F., DOĞAN T.
Computational and Structural Biotechnology Journal
, cilt.21, ss.4743-4758, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202214. SLPred: a multi-view subcellular localization prediction tool for multi-location human proteins
ÖZSARI G., RİFAİOĞLU A. S., ATAKAN A., Tunca Dogan T., Martin M. J., ATALAY R., et al.
BIOINFORMATICS
, cilt.38, sa.17, ss.4226-4229, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202215. Learning functional properties of proteins with language models
Unsal S., Atas H., Albayrak M., Turhan K., Acar A. C., Doğan T.
NATURE MACHINE INTELLIGENCE
, cilt.4, sa.3, ss.227-245, 2022 (SCI-Expanded)
2022
202216. Machine learning-based prediction of drug approvals using molecular, physicochemical, clinical trial, and patent-related features
Ciray F., DOĞAN T.
Expert Opinion on Drug Discovery
, cilt.17, sa.12, ss.1425-1441, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202117. Editorial: Machine Learning Methodologies to Study Molecular Interactions
Yakimovich A., oezguer A., DOĞAN T., Ozkirimli E.
FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES
, cilt.8, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202118. A crowdsourcing open platform for literature curation in UniProt
Wang Y., Wang Q., Huang H., Huang W., Chen Y., McGarvey P. B., et al.
PLOS BIOLOGY
, cilt.19, sa.12, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202119. Data Centric Molecular Analysis and Evaluation of Hepatocellular Carcinoma Therapeutics Using Machine Intelligence-Based Tools
Cetin-Atalay R., Kahraman D. C., Nalbat E., Rifaioğlu A. S., Atakan A., Dönmez A., et al.
JOURNAL OF GASTROINTESTINAL CANCER
, cilt.52, sa.4, ss.1266-1276, 2021 (Hakemli Dergi)
2021
202120. Protein domain-based prediction of drug/compound-target interactions and experimental validation on LIM kinases
Doğan T., Guzelcan E. A., Baumann M., Koyas A., Atas H., Baxendale I., et al.
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY
, cilt.17, sa.11, 2021 (SCI-Expanded)
2021
202121. CROssBAR: comprehensive resource of biomedical relations with knowledge graph representations
Doğan T., Atas H., Joshi V., Atakan A., Rifaioğlu A. S., Nalbat E., et al.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.49, sa.16, 2021 (SCI-Expanded)
2021
202122. Crowdsourced mapping of unexplored target space of kinase inhibitors
Cichonska A., Ravikumar B., Allaway R. J., Wan F., Park S., Isayev O., et al.
NATURE COMMUNICATIONS
, cilt.12, sa.1, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202123. MDeePred: novel multi-channel protein featurization for deep learning-based binding affinity prediction in drug discovery
Rifaioglu A. S., Atalay R. C., KAHRAMAN D. C., DOĞAN T., Martin M., Atalay V.
BIOINFORMATICS
, cilt.37, sa.5, ss.693-704, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202124. UniProt: the universal protein knowledgebase in 2021
Bateman A., Martin M., Orchard S., Magrane M., Agivetova R., Ahmad S., et al.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.49, sa.D1, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202025. iBioProVis: interactive visualization and analysis of compound bioactivity space
DÖNMEZ A., RİFAİOĞLU A. S., ACAR A. C., DOĞAN T., ATALAY R., ATALAY M. V.
BIOINFORMATICS
, cilt.36, sa.14, ss.4227-4230, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202026. DEEPScreen: high performance drug-target interaction prediction with convolutional neural networks using 2-D structural compound representations
Rifaioğlu A. S., Nalbat E., Atalay V., Martin M. J., Cetin-Atalay R., Doğan T.
CHEMICAL SCIENCE
, cilt.11, sa.9, ss.2531-2557, 2020 (SCI-Expanded)
2019
201927. The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens
Zhou N., Jiang Y., Bergquist T. R., Lee A. J., Kacsoh B. Z., Crocker A. W., et al.
GENOME BIOLOGY
, cilt.20, sa.1, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201928. FAIR adoption, assessment and challenges at UniProt
Garcia L., Bolleman J., Gehant S., Redaschi N., Martin M., Bateman A., et al.
SCIENTIFIC DATA
, cilt.6, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201929. Recent applications of deep learning and machine intelligence on in silico drug discovery: methods, tools and databases
Rifaioğlu A. S., Atas H., Martin M. J., Cetin-Atalay R., Atalay V., Dogan T.
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
, cilt.20, sa.5, ss.1878-1912, 2019 (SCI-Expanded)
2019
201930. DEEPred: Automated Protein Function Prediction with Multi-task Feed-forward Deep Neural Networks
Rifaioğlu A. S., Doğan T., Martin M. J., Cetin-Atalay R., Atalay V.
SCIENTIFIC REPORTS
, cilt.9, 2019 (SCI-Expanded)
2019
201931. UniProt: a worldwide hub of protein knowledge
Bateman A., Martin M., Orchard S., Magrane M., Alpi E., Bely B., et al.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.47, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2018
201832. ECPred: a tool for the prediction of the enzymatic functions of protein sequences based on the EC nomenclature
Dalkiran A., Rifaioğlu A. S., Martin M. J., Cetin-Atalay R., Atalay V., Dogan T.
BMC BIOINFORMATICS
, cilt.19, 2018 (SCI-Expanded)
2018
201833. HPO2GO: prediction of human phenotype ontology term associations for proteins using cross ontology annotation co-occurrences
Doğan T.
PEERJ
, cilt.6, 2018 (SCI-Expanded)
2018
201834. Large-scale automated function prediction of protein sequences and an experimental case study validation on PTEN transcript variants
Rifaioğlu A. S., Dogan T., Sarac O. S., Ersahin T., Saidi R., Atalay M. V., et al.
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
, cilt.86, sa.2, ss.135-151, 2018 (SCI-Expanded)
2018
201835. A Structural Perspective on the Modulation of Protein-protein Interactions with Small Molecules
Demirel H. C., Dogan T., TUNÇBAĞ N.
CURRENT TOPICS IN MEDICINAL CHEMISTRY
, cilt.18, sa.8, ss.700-713, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)
2018
201836. Phylogenetic and Other Conservation-Based Approaches to Predict Protein Functional Sites
Atas H., Tunçbağ N., Doğan T.
COMPUTATIONAL DRUG DISCOVERY AND DESIGN
, cilt.1762, ss.51-69, 2018 (SCI-Expanded)
2017
201737. On expert curation and scalability: UniProtKB/Swiss-Prot as a case study
Poux S., Arighi C. N., Magrane M., Bateman A., Wei C., Lu Z., et al.
BIOINFORMATICS
, cilt.33, sa.21, ss.3454-3460, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2017
201738. From the research laboratory to the database: the Caenorhabditis elegans kinome in UniProtKB
Zaru R., Magrane M., O'Donovan C., Bateman A., Martin M. J., Alpi E., et al.
BIOCHEMICAL JOURNAL
, cilt.474, ss.493-515, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2017
201739. UniProt: the universal protein knowledgebase
Bateman A., Martin M. J., O'Donovan C., Magrane M., Alpi E., Antunes R., et al.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.45, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201640. An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy
Jiang Y., Oron T. R., Clark W. T., Bankapur A. R., D'Andrea D., Lepore R., et al.
GENOME BIOLOGY
, cilt.17, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201641. UniProt-DAAC: domain architecture alignment and classification, a new method for automatic functional annotation in UniProtKB
Doğan T., Macdougall A., Saidi R., Poggioli D., Bateman A., O'donovan C., et al.
BIOINFORMATICS
, cilt.32, sa.15, ss.2264-2271, 2016 (SCI-Expanded)
2016
201642. The UniProtKB guide to the human proteome
Breuza L., Poux S., Estreicher A., Famiglietti M. L., Magrane M., Tognolli M., et al.
DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION
, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201643. Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources
Ison J., Rapacki K., Menager H., Kalas M., Rydza E., Chmura P., et al.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.44, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2015
201544. UniProt: a hub for protein information
Bateman A., Martin M. J., O'Donovan C., Magrane M., Apweiler R., Alpi E., et al.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.43, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)
2014
201445. Activities at the Universal Protein Resource (UniProt)
Apweiler R., Bateman A., Martin M. J., O'Donovan C., Magrane M., Alam-Faruque Y., et al.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.42, 2014 (SCI-Expanded, Scopus)
2013
201346. Automatic Identification of Highly Conserved Family Regions and Relationships in Genome Wide Datasets Including Remote Protein Sequences
Doğan T., Karacali B.
PLOS ONE
, cilt.8, sa.9, 2013 (SCI-Expanded)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2020
20201. In vitro validation of drug-target interactions revealed in silico by Comprehensive Resource of Biomedical Relations with Network Representations and Deep Learning (CROssBAR) in HCC
NALBAT E., Rifaioglu A. S., DOĞAN T., Martin M. J., Cetin-Atalay R., ATALAY M. V.
AACR Annual Meeting, ELECTR NETWORK, 22 - 24 Haziran 2020, cilt.80, (Özet Bildiri)
2015
20152. Unsupervised identification of redundant domain entries in InterPro database using clustering techniques
RİFAİOĞLU A. S., Doǧan T., CAN T.
6th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, BCB 2015, Georgia, Amerika Birleşik Devletleri, 9 - 12 Eylül 2015, ss.505-506, (Tam Metin Bildiri)
2013
20133. 2-D thresholding of the connectivity map following the multiple sequence alignments of diverse datasets
Doǧan T., Karaçali B.
10th IASTED International Conference on Biomedical Engineering, BioMed 2013, Innsbruck, Avusturya, 13 - 15 Şubat 2013, ss.1-8, (Tam Metin Bildiri)
2010
20104. Evolutionary relationships between gene sequences via nonlinear embedding Doǧrusal olmayan gömme teknikleri altinda gen dizilerinin evrimsel i̇lişkileri
Doǧan T., Karaçcali B.
2010 15th National Biomedical Engineering Meeting, BIYOMUT2010, Antalya, Türkiye, 21 - 24 Nisan 2010, (Tam Metin Bildiri)
Desteklenen Projeler
2025 - 2028
2025 - 2028Çizge Karşıtlığı Temelli Temsil Öğrenmesi Ile Yüksek Hassasiyetli Protein Fonksiyon Tahmini
TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
Doğan T. (Yürütücü), Karaca Erek E., Kahraman D. C.
2025 - 2028
2025 - 2028Parkinson Hastalığında LİMK Yolağının ve Bu Yolağı Hedef Alan Yeni Küçük Moleküllerin İncelenmesi
TÜBİTAK Projesi , 3501 - Ulusal Genç Araştırmacı Kariyer Geliştirme Programı
(Proje Özeti)
Akhan Güzelcan E. (Yürütücü), Yalçın Çakmaklı G., Bora Akoğlu G., Doğan T., Baumann M., Kahraman D. C.
2023 - 2025
2023 - 2025Üretken Derin Öğrenme Ile Yeni Protein Dizilerinin Moleküler İşlev Odaklı Otomatik Tasarımı (TÜBİTAK 122E148 yüksek bütçe başvurusu)
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer
DOĞAN T. (Yürütücü)
2023 - 2025
2023 - 2025Hepatosellüler karsinomada Hippo sinyal yolağı hedefli bileşiklerin mekanizmasının aydınlatılması (TÜBİTAK 222S716 proje numarası ile proje ile yüksek bütçe başvurusu)
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer
GÜNTEKİN ERGÜN S. (Yürütücü), DİNÇER P. R., SARI S., DEMİR B. N., DOĞAN T.
2022 - 2025
2022 - 2025
Üretken Derin Öğrenme ile Yeni Protein Dizilerinin Moleküler İşlev Odaklı Otomatik Tasarımı
TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
(Proje Özeti)
DOĞAN T. (Yürütücü)
2022 - 2024
2022 - 2024Tıbbi Nesnelerin Interneti (IoMT), Yapay Zeka Destekli ve Giyilebilir Kablosuz Sensörlerle Uyumlu Yenidoğan Yoğun Bakım Ünite Cihazlarının Geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı
(Proje Özeti)
DOĞAN T. (Yürütücü), ÇELİK H. T.
2021 - 2024
2021 - 2024Biyomoleküler ve Biyomedikal Veri İçerisindeki Kompleks ve Heterojen İlişkilerin Bütünleyici Temsili ve Derin Çizge Öğrenme Bazlı Tahmini
TÜBİTAK Projesi , 3501 - Ulusal Genç Araştırmacı Kariyer Geliştirme Programı
(Proje Özeti)
Doğan T. (Yürütücü)
2021 - 2024
2021 - 2024Çekişmeli Çizge Üretici Derin Sinir Ağları ile Hastalık Hedefli Yeni İlaç Adayı Moleküllerin De Novo Tasarımı
TÜBİTAK Projesi , 2247 - A Ulusal Lider Araştırmacılar Programı
(Proje Özeti)
Doğan T. (Yürütücü)
2020 - 2023
2020 - 2023Kanserde İmmünoterapi Etkinliğinin İyileştirilmesine Yönelik Makine Öğrenmesine Dayalı Yeni Gen Keşfi ve İlaç Yeniden Konumlandırma Platformunun Geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1003 - Öncelikli Alanlar Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı
Doğan T., Turhan K., Başbinar Y., Acar A. C., Işik Z.(Yürütücü), Timuçin E.(Yürütücü)
2020 - 2022
2020 - 2022Derin Öğrenme Bazlı Farmakogenomik Modelleme ile Geniş Çaplı Kanser Hücre Hattı İlaç Yanıt Tahmini
(Proje Özeti)
DOĞAN T. (Yürütücü)
2017 - 2020
2017 - 2020Derin Öğrenme Teknikleri Ve Ağ Analizi Yöntemleriyle Hazırlanmış Kapsamlı Biyomedikal İlişkiler Kaynağı
Newton Programı Destekli Proje , Katip Çelebi-Newton Fonu, Diğer Projeler
Doğan T.
2014 - 2018
2014 - 2018Development of computational pipelines for drug discovery and repurposing
Diğer Uluslararası Fon Programları
Doğan T.
2015 - 2017
2015 - 2017Yapısal ve Fonksiyonel Sınıflama ile Yeni Biyoaktif Küçük Molekül İlaç Hedef Protein Eşlerinin İşlemsel Tahmini
TÜBİTAK Projesi , 2218 - Yurt İçi Doktora Sonrası Araştırma Burs Programı
Doğan T. (Yürütücü)
2013 - 2015
2013 - 2015Novel computational approaches for functional annotation of large data sets of proteins
Diğer Uluslararası Fon Programları
Doğan T. (Yürütücü)