Prof. Dr. FATİH YAŞAR

Metrikler

Yayın

Yayın (WoS)

Yayın (Scopus)

Atıf (WoS)

250

H-İndeks (WoS)

Atıf (Scopus)

260

H-İndeks (Scopus)

Proje

Tez Danışmanlığı

Açık Erişim

BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Eğitim Bilgileri

1995 - 2000

Doktora

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Mühendisliği, Türkiye

1988 - 1995

Lisans

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Mühendisliği, Türkiye

Yabancı Diller

B1 Orta

İngilizce

Araştırma Alanları

Bilgisayar Bilimleri

Algoritmalar

Benzetim ve Modelleme

Paralel Algoritmalar

Sayısal Algoritmalar

Fizik

Genel Fizik

İstatistik fizik, termodinamik ve nonlineer dinamik sistemler

Kimya

Biyokimya

Biyofiziksel Kimya

Protein Kimyası

Temel Bilimler

Mühendislik ve Teknoloji

Akademik Faaliyetlere Dayalı Araştırma Alanları

Avesis Araştırma Alanları

WoS Araştırma Alanları

Scopus Araştırma Alanları

Akademik Ünvanlar / Görevler

2008 - Devam Ediyor

Prof. Dr.

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Mühendisliği Bölümü

2002 - 2008

Doç. Dr.

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Mühendisliği Bölümü

1993 - 2002

Araştırma Görevlisi

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Mühendisliği Bölümü

Yönetimsel Görevler

2018 - Devam Ediyor

Anabilim/Bilim Dalı Başkanı

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Mühendisliği

2009 - 2012

Anabilim/Bilim Dalı Başkanı

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Mühendisliği Bölümü

Akademi Dışı Deneyim

2008 - Devam Ediyor

Prof.Dr.

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Müh. Bölümü., Prof.Dr.

2013 - 2014

Zİyaretçi Profesor

Oklahoma Üniversitesi, Zİyaretçi Profesor

2002 - 2008

Doç. Dr.

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Müh. Bölümü., Doç. Dr.

2004 - 2005

Araştırmacı

Forschungszentrum Jülich, Araştırmacı

2000 - 2002

Dr. Araş. Görevlisi

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Müh. Bölümü., Dr. Araş. Görevlisi

1993 - 2000

Araş. Görevlisi

Hacettepe Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Fizik Müh. Böl., Araş. Görevlisi

Yönetilen Tezler

2011

Yüksek Lisans

Moleküler dinamik simülasyon metodu ile bazı peptitlerin ikincil yapılarının incelenmesi

YAŞAR F.

M.ERMAN(Öğrenci)

Makaleler

2024

1. Molecular Insight into the Effect of HIV-TAT Protein on Amyloid-β Peptides.

Jana A. K., Keskin R., Yaşar F.

ACS omega , cilt.9, sa.25, ss.27480-27491, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)

2023

2. Catalytic Reaction Mechanism of Bacterial GH92 α-1,2-Mannosidase: A QM/MM Metadynamics Study

SAĞIROĞLUGİL M., YAŞAR F.

ChemPhysChem , cilt.24, sa.24, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)

2023

3. The stability and dynamics of the Aβ40/Aβ42 interlaced mixed fibrils

Jana A. K., GÜVEN Ö., YAŞAR F.

Journal of Biomolecular Structure and Dynamics , 2023 (SCI-Expanded, Scopus)

2022

4. Resolution exchange with tunneling for enhanced sampling of protein landscapes

Yasar F., Ray A. J., Hansmann U. H. E.

PHYSICAL REVIEW E , cilt.106, sa.1, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)

2022

5. Interconversion between Serum Amyloid A Native and Fibril Conformations

Yasar F., Sheridan M. S., Hansmann U. H. E.

ACS OMEGA , cilt.7, sa.14, ss.12186-12192, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)

2018

6. Conformational stability of the tetrameric de novo designed hexcoil-Ala helical bundle

Demir K., Alici H., YAŞAR F.

CHINESE JOURNAL OF PHYSICS , cilt.56, sa.1, ss.46-57, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)

2016

7. Response to "Comment on 'Replica-exchange-with-tunneling for fast exploration of protein landscapes"' [J. Chem. Phys. 145, 057101 (2016)]

YAŞAR F., Bernhardt N. A., Hansmann U. H. E.

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS , cilt.145, sa.5, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)

2015

8. Replica-exchange-with-tunneling for fast exploration of protein landscapes

YAŞAR F., Bernhardt N. A., Hansmann U. H. E.

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS , cilt.143, sa.22, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)

2014

9. Folding and self-assembly of a small heterotetramer

YAŞAR F., SIERADZAN A. K., HANSMANN U. H. E.

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS , cilt.140, sa.10, 2014 (SCI-Expanded, Scopus)

2014

10. Multicanonical molecular dynamics simulations of the N-terminal domain of protein L9

YAŞAR F., Jiang P., Hansmann U. H. E.

EPL , cilt.105, sa.3, 2014 (SCI-Expanded, Scopus)

2014

11. The investigation of the secondary structure propensities and free-energy landscapes of peptide ligands by replica exchange molecular dynamics simulations

Demir K., Kilic N., DUDAK F. C., BOYACI İ. H., YAŞAR F.

MOLECULAR SIMULATION , cilt.40, sa.13, ss.1015-1025, 2014 (SCI-Expanded, Scopus)

2013

12. In Silico Cross Seeding of A beta and Amylin Fibril-like Oligomers

Berhanu W. M., Yasar F., Hansmann U. H. E.

ACS CHEMICAL NEUROSCIENCE , cilt.4, sa.11, ss.1488-1500, 2013 (SCI-Expanded, Scopus)

2013

13. Sampling of Protein Folding Transitions: Multicanonical Versus Replica Exchange Molecular Dynamics

Jiang P., YAŞAR F., Hansmann U. H. E.

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION , cilt.9, sa.8, ss.3816-3825, 2013 (SCI-Expanded, Scopus)

2012

14. Enhancing the affinity of SEB-binding peptides by repeating their sequence

Dudak F. C., Kilic N., Demir K., YAŞAR F., BOYACI İ. H.

BIOPOLYMERS , cilt.98, sa.2, ss.145-154, 2012 (SCI-Expanded, Scopus)

2010

15. Thermodynamic and structural analysis of interactions between peptide ligands and SEB

Dudak F. C., Soykut E. A., Oguz M. E., YAŞAR F., BOYACI İ. H.

JOURNAL OF MOLECULAR RECOGNITION , cilt.23, sa.4, ss.369-378, 2010 (SCI-Expanded, Scopus)

2009

16. The Systematic Simulations of the Hopfield Model by Multicanonical Algorithm

YAŞAR F., DİLAVER M.

CHINESE JOURNAL OF PHYSICS , cilt.47, sa.2, ss.226-237, 2009 (SCI-Expanded, Scopus)

2009

17. THE STUDY OF PHASE TRANSITION BY PERIODIC DISTRIBUTION OF BIMODAL BONDS IN 2D POTTS MODEL

YAŞAR F., DİLAVER M.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C , cilt.20, sa.2, ss.223-236, 2009 (SCI-Expanded, Scopus)

2007

18. Solvation model effects on two specific peptides of milk protein

YAŞAR F., DEMİR K.

CHINESE JOURNAL OF PHYSICS , cilt.45, sa.6, ss.622-636, 2007 (SCI-Expanded, Scopus)

2007

19. The simulation of spin glass model of neural networks by the Wang-Landau algorithm

YAŞAR F., DİLAVER M.

COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS , cilt.177, sa.8, ss.625-630, 2007 (SCI-Expanded, Scopus)

2007

20. The study of quenched bond randomness by Wang-Landau algorithm

Yasar F.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C , cilt.18, sa.7, ss.1107-1117, 2007 (SCI-Expanded, Scopus)

2006

21. The study of helix-coil transition of polyalanine with single histogram method

Yasar F., DEMIR K.

COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS , cilt.175, sa.9, ss.604-611, 2006 (SCI-Expanded, Scopus)

2006

22. Study of two bioactive peptides in vacuum and solvent by molecular modeling

Yasar F., DEMIR K.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C , cilt.17, sa.6, ss.825-839, 2006 (SCI-Expanded, Scopus)

2006

23. The investigation of the secondary structures of various peptide sequences of beta-casein by the multicanonical simulation method

Yasar F., Celik S., Koksel H.

PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS , cilt.363, sa.2, ss.348-358, 2006 (SCI-Expanded, Scopus)

2005

24. The investigation of the spin glass properties of the Hopfield neural network model

YAŞAR F.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C , cilt.16, sa.3, ss.427-437, 2005 (SCI-Expanded, Scopus)

2004

25. The equilibrium thermodynamics of various peptide sequences

Yasar F.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C , cilt.15, sa.4, ss.583-593, 2004 (SCI-Expanded, Scopus)

2003

26. Molecular modeling of various peptide sequences of gliadins and low-molecular-weight glutenin subunits

Yasar F., Celik S., Koksel H.

NAHRUNG-FOOD , cilt.47, sa.4, ss.238-242, 2003 (SCI-Expanded, Scopus)

2002

27. Efficiency of the multicanonical simulation method as applied to peptides of increasing size: The heptapeptide deltorphin

YAŞAR F., Arkin H., Celik T., Berg B., Meirovitch H.

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY , cilt.23, sa.12, ss.1127-1134, 2002 (SCI-Expanded, Scopus)

2002

28. Multicanonical simulations of some peptides

ARKIN H., YAŞAR F., CELIK T., Berg B., Meirovitch H.

Computer Physics Communications , cilt.147, ss.600-603, 2002 (SCI-Expanded, Scopus)

2001

29. Molecular modelling of pentapeptide and tetrapeptide sequences of C-hordein

Arkin H., YAŞAR F., ÇELİK S., Celik S., KÖKSEL H.

JOURNAL OF THE INSTITUTE OF BREWING , cilt.107, sa.6, ss.383-388, 2001 (SCI-Expanded, Scopus)

2001

30. Multicanonical simulation of spin systems with bond randomness

Yasar F.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C , cilt.12, sa.6, ss.793-800, 2001 (SCI-Expanded, Scopus)

2001

31. MOLECULAR MODELING OF TWO HEXAPEPTIDE REPEAT MOTIFS OF HMW GLUTENIN SUBUNITS

HANDAN A., YAŞAR F., ÇELİK T., ÇELİK S., KÖKSEL H.

International Journal Of Modern Physics C , cilt.12, ss.281-292, 2001 (SCI-Expanded, Scopus)

2000

32. Multicanonical simulations of five tetrapeptide sequences in the central domain of HMW glutenin

Arkin H., Yasar F., ÇELİK T., Celik S., Koksel H.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C , cilt.11, sa.8, ss.1595-1606, 2000 (SCI-Expanded, Scopus)

2000

33. Multicanonical procedure for continuum peptide models

YAŞAR F., Celik T., Berg B., Meirovitch H.

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY , cilt.21, sa.14, ss.1251-1261, 2000 (SCI-Expanded, Scopus)

2000

34. Study of autocorrelation times in 2D potts model under quenched bond randomness

Yasar F., Gunduc Y., Celik T.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C , cilt.11, sa.4, ss.707-712, 2000 (SCI-Expanded, Scopus)

1999

35. Effects of the distribution of bimodal bonds on phase transition in 2D Potts model

YAŞAR F., Gündüç Y., CELIK T.

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications , cilt.274, sa.3, ss.537-544, 1999 (SCI-Expanded, Scopus)

1999

36. Softening of phase transition by random distribution of bimodal-bonds in the 2D 8-state Potts model

Yasar F., Gunduc Y., Celik T.

INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS C , cilt.10, sa.5, ss.961-966, 1999 (SCI-Expanded, Scopus)

1999

37. Rounding of phase transition in the 2D 8-state random bond Potts model

ÇELİK T., YAŞAR F., Gündüç Y.

Computer Physics Communications , cilt.121, ss.194-196, 1999 (SCI-Expanded, Scopus)

1999

38. Softening of Phase Transition in the Potts Model Under The Quenched Bond Randomness

YAŞAR F., GÜNDÜÇ Y., TARİK Ç.

Turkish Journal of Physics , ss.233, 1999 (Scopus, TRDizin)

1998

39. Softening of the phase transition in a two-dimensional Potts model under quenched bond randomness

Yasar F., Gunduc Y., ÇELİK T.

PHYSICAL REVIEW E , cilt.58, sa.4, ss.4210-4212, 1998 (SCI-Expanded, Scopus)

1998

40. Short-time dynamics of cluster growth in the Potts model

Yasar F., GUNDUC Y., AYDIN M., CELIK T.

PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS , cilt.255, ss.430-438, 1998 (SCI-Expanded, Scopus)

1997

41. Dynamics of Clusters in Three Dimensional 3 State potts Model

YAŞAR F., GÜNDÜÇ Y., AYDIN M., ÇELİK T.

Turkish Journal of Physics , ss.153, 1997 (Scopus)

1997

42. Cluster Study of Phase Transition in Two Dimentional Q State Potts Model

AYDIN M., GÜNDÜÇ Y., ÇELİK T., YAŞAR F., BURCU O.

Turkish Journal of Physics , ss.64-72, 1997 (Scopus)

1996

43. Multicanonical Simulations of the Hopfield Model

YAŞAR F., TARİK Ç.

Turkish Journal of Physics , ss.71, 1996 (Scopus, TRDizin)

Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler

2015

1. Mixed Model Replica Exchange to Study Switching Proteins

NATHAN A. B., ULRİCH H. H., YAŞAR F.

From Computational Biophyscs To System Biology (CBSB15), Oklahoma, Amerika Birleşik Devletleri, 17 - 19 Mayıs 2015

2015

2. Hybrid MC MD simulation of the Trp cage miniprotein in implicipt solvent

YAŞAR F., NATHAN B., ULRİCH H. H.

From Computational Biophysics to Systems Biology (CBSB2015), Oklahoma, Amerika Birleşik Devletleri, 17 - 19 Mayıs 2015

2004

3. Non linear lens distortion correction procedure in biomechanical analysis of human movement

ARITAN S., YAŞAR F.

9th Annual Congress European College of Sport Science, Clermont-Ferrand, Fransa, 3 - 06 Temmuz 2004, (Özet Bildiri)

2003

4. Molecular modeling of peptide sequences of gliadins and LMW-glutenin subunits

Yasar F., CELIK S., KOKSEL H.

8th International Gluten Workshop, Viterbo, İtalya, 8 - 10 Eylül 2003, ss.74-77, (Tam Metin Bildiri)

Desteklenen Projeler

2021 - 2025

Amyloid Beta ve Alpha Synuclein Proteinlerinin Simulasyon Teknikleriyle İncelenmesi

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi

YAŞAR F. (Yürütücü), SAĞIROĞLUGİL M., GÜVEN Ö., DİLAVER M.

2015 - 2018

Replica Exchange Tünelleme Yöntemi ve Uygulamaları

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer

YAŞAR F. (Yürütücü)

2015 - 2017

From Computational Biophysics to System Biology CBSB2016 olarak adlandırılan Uluslararası Çalıştayın düzenlenmesi

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer

DİLAVER M. (Yürütücü), YAŞAR F.

2015 - 2015

Hybrid MC/MD simulation of implicit Trpcage mini-protein

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer

YAŞAR F. (Yürütücü)

2014 - 2015

Makromoleküller için Hibrit Simulasyon Tekniği Geliştirilmesine Yönelik Bilimsel İşbirliği

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer

YAŞAR F. (Yürütücü)

2012 - 2015

Biyolojik Makromoleküllerin Simülasyonları için yeni tekniklerin uygulanması

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Diğer

YAŞAR F. (Yürütücü)

Kongre ve Sempozyum Katılımı Faaliyetleri

01 Mayıs 2016 - 01 Mayıs 2016

From Computational Biophysics to System Biology (CBSB2016)

Katılımcı

Ankara-Türkiye

01 Mayıs 2015 - 01 Mayıs 2015

From Computational Biophysics to System Biology (CBSB2015)

Katılımcı

Oklahoma-Amerika Birleşik Devletleri

01 Mayıs 2014 - 01 Mayıs 2014

From Computational Biophysics to System Biology (CBSB2014)

Katılımcı

Gdansk-Polonya

01 Mayıs 2013 - 01 Mayıs 2013

From Computational Biophysics to System Biology (CBSB2013),

Katılımcı

Oklahoma-Amerika Birleşik Devletleri

01 Haziran 2012 - 01 Haziran 2012

From Computational Biophysics to System Biology (CBSB2012),

Katılımcı

Tennessee-Amerika Birleşik Devletleri

Burslar

1999 - Devam Ediyor

Nato-A2 Yurt dışı bursu

TÜBİTAK

1997 - Devam Ediyor

Doktora-Eğitim Bursları

TÜBİTAK

1996 - Devam Ediyor