Anadolu'daki nadir otoinflamatuvar hastalıklar ile ilişkili mutasyonlar için alel yaşının hesaplanması

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyoinformatik A.B.D., Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2024

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: DAMLA KARADAVUT

Danışman: İdil Yet

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Otoinflamatuvar hastalıklar bireylerin doğal bağışıklık sistemlerindeki bozukluklar nedeniyle ortaya çıkan hastalıklardır. Atak dönemlerinde ortaya çıkan yüksek miktarda iltihap biyobelirteçleri en belirgin semptomlarındandır. İltihap yükselmesine genelde ateş ve ağrı eşlik eder. Bu tez çalışmasında Anadolu için önemli 3 nadir otoinflamatuvar hastalık (Ailevi Akdeniz Ateşi, TNF Reseptör İlişkili Periyodik Sendrom ve Behçet Hastalığı) ile ilişkili mutasyonların alel yaşları antik ve modern Anadolu bireyleri üzerinden analiz edilecektir. Alel yaşı bir popülasyon genetiği parametresidir. Temelde bir mutasyonun bir popülasyonda ortaya çıktığı tarihten günümüze geçen zamanı belirtir. Alel yaşı birçok farklı yöntemle hesaplanabilir. Bu yöntemlerden bir tanesi jenealoji temelli hesaplamadır. Bu tez çalışmasında, jenealoji temelli yöntemle alel yaşı ve daha birçok parametreyi hesaplayan biyoinformatik araç olan Relate kullanılmıştır. Relate, verilen verideki bilgileri kullanarak her bir genom bölgesi için bir jenealoji ağacı oluşturmaktadır. Daha sonrasında mutasyonları bu ağaçların dallarına haritalayarak, haritalandıkları dallar üzerinden yaş hesaplamalarını yapmaktadır. Bu yöntem kullanılarak belirtilen üç hastalık ile ilişkili toplam 26 TNP için alel yaşı hesaplanmıştır (hesaplanan en alt sınır 981,452 jenerasyon & hesaplanan en üst sınır 74080,4 jenerasyon). Hesaplanan yaş sonuçlarında Ailevi Akdeniz Ateşi için Anadolu'da hesaplanan daha önceki sonuçlarına kıyasla daha eski sonuçlar elde edilmiştir. Buna ek olarak, ilgili TNP'lerin alel frekansları da hesaplanarak yaş ve frekans arasında herhangi bir ilişki korelasyon analizleri ile değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, yaş sonuçları ile frekans arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır.