Akrep venom peptidlerinin kristalizasyonu, yapısal karakterizasyonu vebenzeşim modellemesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fizik Mühendisliği A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2015
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: DAMLA KOÇAK
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): SÜHEYLA ÖZBEY
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Akrep venomlarının yapılarının aydınlatılması amacıyla yapılan bu tez çalışmasında, aynı familyadan iki farklı akrep cinsinden saflaştırılan peptidler incelenmiştir. Buthidae familyasına ait bu akreplerden birisi Androctonus crassicauda, diğeri ise Buthacus macrocentrus türü akreptir. Akreplerden alınan venomlar Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Venom Araştırma Laboratuvarı'nda yüksek performanslı sıvı kromatografi sistemi kullanılarak saflaştırılmıştır. Tez kapsamında incelenen peptidlerden biri olan Acra3, A. crassicauda cinsi akrepten saflaştırılmıştır. Peptidin molekül ve kristal yapısının X-ışınları kristalografisi ile aydınlatılabilmesi için ilk koşul X-ışınları kırınımı verebilecek tek kristallerin üretilmesidir. Bu amaçla, öncelikle, kristalizasyon deneyleri yapılmış ve tek kristal yapı oluşana kadar farklı koşullar altında deneyler tekrarlanmıştır. Fakat istenilen kristal form elde edilemediği için atomik düzeyde üç boyutlu yapı çözümü gerçekleştirilememiştir. Çalışmanın ikinci bölümünde, çözelti içindeki Acra3 moleküllerinin düşük çözünürlüklü (nanometre boyutunda) yapısal karakterizasyonları için küçük açı X-ışınları saçılması (SAXS) yöntemi kullanılmıştır. Hamburg'da, EMBL P12 BioSAXS demet hattında yapılan deneyde ölçülen SAXS şiddet verileri, farklı programlar üzerinden analiz edilmiştir. Peptid moleküllerinin çözeltideki dağılımına bağlı olarak, kümelenmiş birkaç molekülün jirasyon yarıçapı ve düşük çözünürlüklü moleküler yapısı bulunmuştur. Kristalizasyon ve SAXS deneyleri sadece Acra3 peptidi için uygulanmış, tez kapsamında incelenen B. macrocentrus cinsi akrepten saflaştırılan Bu1 peptidi için, Acra3 ile birlikte sadece biyoinformatik modelleme yapılmıştır. Tez çalışmasının son aşamasında biyoinformatik modelleme ile iki peptidinde iki ve üç boyutlu yapılarının bulunması amaçlanmıştır. Acra3 ve Bu1 peptidinin üç boyutlu tahmini yapılarının belirlenmesi için öncelikle NCBI, EBI ve Swiss Model gibi farklı sunucular üzerinden uygun şablon yapılar bulunmuştur. UniProtKB ve ClustalW2 sunucuları kullanılarak, farklı peptidlerle aralarındaki benzerlikleri görmek için çoklu dizi eşlemesi yapılmış ve iki peptid için de yapılan benzeşim modellemesiyle, peptidlerin üç boyutlu tahmini yapıları elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Akrep venomu, nörotoksik peptid, Androctonus crassicauda, Buthacus macrocentrus, protein kristalizasyonu, SAXS, çoklu dizi eşleme, benzeşim modellemesi.