HT29 ve K562 kanser hücrelerinde protein ve metabolitlerin analizi için çeşitli analitik yöntemlerin geliştirilmesi

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Analitik Kimya A.B.D., Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2013

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: MUSTAFA ÇELEBİER

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): SACİDE ALTINÖZ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Günümüzde tedavisi zor ve ölümcül hastalıklardan biri olan kanser, sosyal veekonomik anlamda insanlığı tehdit etmektedir. Kanserin önlenmesi ve tedavisi ileilgili çözüm arayışları halen devam etmektedir ve bu amaçla moleküler düzeydeçalışmalar yapılmaktadır. Bu tez çalışması başlıca iki aşamadan oluşmaktadır; birinciaşamada HT29 kolon kanseri hücreleri ve K562/R ve K562/wt kan kanseri hücreleriüzerinde biberiye (Rosmarinus officinalis L.)' nin antikanser aktivitesi karşılaştırmalıproteomik çalışmalarla moleküler düzeyde incelenmiştir. Bunun için biberiyedenelde edilen polifenolce zengin ekstrelerin kanserli hücre hatlarına in vitro olarakuygulanması sonucu hücre büyümesinde azalmanın görüldüğü işlenmiş gruplar ilekontrol gruplarına ait proteinler iki boyutlu jel elektroforez ile ayrılarak biberiyeekstreleri ile işlem sonrası düşük veya yüksek miktarda ifade edilen proteinler tespitedilmiştir. Tespit edilen proteinlerden en üst düzeyde farklılaşmış olanlar matriksdestekli desorpsiyon/ iyonlaşmalı - uçuş zamanlı kütle spektrometrisi ile analizedilmiş ve protein veribankaları aracılığıyla tanımlanmıştır. Tanımlanan proteinler,biberiyenin antikanser aktivitesini proteom düzeyinde açıklamak amacıylakaynaklardaki çalışmalarla ilişkilendirilmiştir. İkinci aşamada ise ¨R¨ programlamadili altında çalışan ve sıvı kromatografisi - kütle spektrometrisi verilerinindeğerlendirilmesinde kullanılan bir metabolit profilleme yazılımı olan XCMS,kapiler elektroforez - kütle spektrometrisi çalışmalarına uyarlanmıştır. Bu amaçlaK562/R hücre hattına ait metabolitler, kapiler elektroforez - kütle spektrometrisikullanılarak analiz edilmiş ve analiz sonucu elde edilen elektroferogramlar XCMSiçin çeşitli parametrelerin değerlendirilmesiyle metabolit profillemede kullanılmıştır.Tespit edilen metabolitlerden bazıları kanser ile ilişkilendirilmeye çalışılmıştır.