Moleküler modelleme yöntemleri ile bazı fitokimyasalların opioid reseptörüyle bağlanma aktivitelerinin araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2018
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HAZAL GÜRŞÜN
Danışman: Vildan Gürsoy
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Dünya genelinde 255 milyon kişi uyuşturucu kullanmaktadır. Türkiye'de ise 2011 yılında yapılan madde bağımlılığı araştırmalarına göre yaşam boyu madde kullanım sıklığı %2,7 olarak belirtilmiştir. Opioid maddeler doğal (morfin, eroin, kodein...) , yarı sentetik (oksikodon, buprenorfin...) ve sentetik (metadon,fentanil...) olarak sınıflandırılırlar. Opioid bağımlılığında ana sebep morfin gibi opiyatlar ile G-protein reseptörü olan mü opioid reseptörünün (MOR) etkileşmesidir. Bu yapı opioid tedavisinde hedef yapı olarak kullanılmaktadır. Günümüzde agonist ve antagonist ilaçlar tedavinin farklı aşamalarında kullanılmaktadır. Bu ilaçların güçlü yan etkilerinden dolayı bu konuyla ilgili yeni ilaç araştırmaları devam etmektedir. Bazı bitkiler (sarı kantaron, üzerlik, gelincik, çörek otu) için uyuşturucu bağımlılığında tedavi edici özelliği olduğunu gösteren deneysel çalışmalar olmasına karşın, mü opioid reseptörü ile bu bitkilerin içerisindeki hangi fitokimyasalın etkili olduğuna dair mekanizma bilinmemektedir. Bizim amacımız AutoDock Vina programını kullanarak sarı kantaron, gelincik, çörek otu ve üzerlik bitkisinde bulunan 31 fitokimyasalın agonist ve/veya antagonist özelliklerinin belirlenmesidir. Çalışmanın ilk aşamasında AutoDock Vina programını kullanarak normal ve çapraz doking ile validasyon hesaplamaları agonist ve antagonist özellikteki mü opioid reseptör kodları 5C1M ve 4DKL ile yapılmıştır. Normal validasyon hesaplamalarına göre RMSD değeri sırasıyla 5C1M ve 4DKL için 1.2 Å ve 1.0 Å olarak bulunmuştur. RMSD değeri 2 Å dan küçük olduğundan dolayı AutoDock Vina programının seçilen protein-ligand sistemi için uygun olduğu belirlenmiştir. İkinci aşamada, sarı kantaron, üzerlik, gelincik ve çörek otu bitkilerindeki 31 adet fitokimyasalın DFT/B3LYP/6-31G(d,p) temel seti ile geometri optimizasyonu yapılmıştır ve fitokimyasalların MOR'ün aktif bölgesine bağlanması AutoDock Vina programı kullanılarak incelenmiştir. Bağlanma enerjilerine dayanarak 31 fitokimyasalın agonist ve antagonist özelliklerinin incelenmesinden sonra agonist özelliği en yüksek bileşik rojenin olarak saptanmıştır. Bu tezde ilk kez yapılan araştırmalar sonucunda elde ettiğimiz veriler, hedef yapı MOR ile etkileşen yeni ilaç adaylarının tasarlanmasına katkıda bulunacaktır. Anahtar kelimeler: Mü opioid reseptörü, doking, antagonist, agonist, 4DKL, 5C1M