Entomopatojen nematodlarla simbiyotik yaşayan bakterilerin tanımlanması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2010
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: DİDEM ŞİMŞEK GÜNGÖR
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): NEVİN KESKİN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada entomopatojenik nematodlarla simbiyotik yaşayan bakterilerin izolasyonu ve tanımlanması hem klasik hem de moleküler yöntemler kullanılarak yapılmıştır. Çalışmada Türkiye topraklarından izole edilen ve 18'i Heterorhabditidae familyasına, 31'i Steinernematidae familyasına ait toplam 49 entomopatojen nematod izolatı kullanılmıştır. Bu entomopatojen nematod izolatlarına ait simbiyotik bakteriler izole edilmiş ve bu bakterilerin 16S rRNA dizi analizi yapılarak tanımlanması amaçlanmıştır. Elde edilen ileri ve ters yöndeki sekanslar karşılaştırılarak konsensüs sekans elde edilmiş ve Chromas programı kullanılarak gen bankasındaki diğer türlerin dizi analizleriyle karşılaştırılmıştır. İzolatlara ait DNA dizi analizi sonuçları Clustal W2 programı kullanılarak sıralanmış ve müteakiben neighbour joining benzerlik algoritmasına göre filogenetik ağaçları oluşturulmuştur.Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (Enterobakteriyal genler arası etkileşim)- Polimeraz Zincir Reaksiyonu (ERIC-PZR) yöntemi ile izolatların profilleri karşılaştırılarak izolatlar gruplandırılmaya çalışılmıştır.Moleküler çalışmalara ek olarak, izole edilen bakterilerin biyokimyasal analizleri için API20E ve API 50CH kitleri kullanılmıştır.Gen bankasında yapılan blast analizlerinde Heterorhabditidae familyasına ait 18 izolattan, 4'ü Photorhabdus luminescens subsp. laumondii, 8'i Photorhabdus luminescens subsp. kayaii, 6'sı Photorhabdus luminescens subsp. thracensis ile homolog olarak saptanmıştır. Steinernematidae familyasına ait 31 izolattan 4'ü Xenorhabdus nematophila, 27'si Xenorhabdus bovienii ile homolog olarak saptanmıştır.