Antik İnsan Kemik ve Diş Örneklerinde DNA İzolasyon Metotlarının Verimlilik Açısından Karşılaştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HAZAL TAHRAVİ
Danışman: Hatice Mergen
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Antik DNA (aDNA); ileri derecede hasara uğramış, müze örneklerinden veya kazılardan elde edilen diş ve kemik gibi materyallerdeki DNA olarak tanımlanmaktadır. Antik DNA çalışmaları ile nesli tükenen canlıların genetik dizilerinin okunması, akrabalık ilişkilerinin aydınlatılması, insan popülasyonlarının evrimsel kökeninin ortaya konması ve eski zamana ait patojenlerin dizilerinin eldesi mümkün olmuştur. PZR teknolojisinin gelişmesiyle birlikte antik DNA çalışmaları ilerlemiş ancak bu teknolojinin hassaslığı ve kontaminasyona karşı açık olması alanda yaşanan sorunların da şekillenmesine yol açmıştır. Antik DNA'nın uğramış olduğu hasar, kemik ve diş gibi materyallerden DNA eldesini zorlaştırmakta ve elde edilebilir DNA'nın uzunluğunu büyük ölçüde kısıtlamaktadır. Antik DNA'ya dair yapılan çalışmalar çok çeşitli olmakla birlikte ilk çıkışından bu yana DNA'nın izolasyonu ve PZR başarısının iyileştirilmesi alan içerisinde önemli bir konu olmuştur. Antik DNA örneklerinin dizilerinin okunması ve diğer moleküler tayinler için örnekten başarılı bir şekilde DNA izolasyonunun gerçekleştirilmesi gerekmektedir. Bunun için antik DNA'da sıklıkla kullanılan iki yöntem fenol-kloroform ve silika membran izolasyon yöntemleridir. Yapılan tez çalışmasıyla silika membran ve fenol-kloroform izolasyon metotlarının verimlilik ve amplifiye edilebilir DNA uzunlukları açısından karşılaştırılması hedeflenmiştir. Mitokondriyal DNA'nın amplifikasyonu için 162 bç, 177 bç ve 218 bç boyutlarında ürün veren 3 farklı primer çifti kullanılmıştır. Bu bağlamda yapılan çalışmalarda 5 adet femur, 5 adet talus ve 5 adet diş örneği kullanılarak silika membran ve fenol-kloroform izolasyonları gerçekleştirilmiş olup bu metotların farklı örnek türlerindeki başarısı da karşılaştırılmıştır. Örnekler Karia Bölgesinde bulunan Stratonikeia Antik Kenti kazılarından elde edilmiştir. Yapılan deneyler sonucunda femur ve talus örneklerinin fenol-kloroform izolasyonlarında yalnızca en kısa amplikonda (162 bç) başarılı sonuç alınmıştır. Aynı örneklerin silika membran izolasyonları ise her üç amplikonda da başarılı sonuç vermiştir. Böylelikle femur ve talus örnekleri için silika membran izolasyon yönteminin hem verim hem de amplifiye edilebilir uzunluk açısından fenol-kloroform izolasyonundan daha başarılı olduğu gösterilmiştir. Diş örneklerinde ise fenol-kloroform yönteminde en kısa amplikon boyutunda yoğun bantlar elde edilmiş, silika membran yönteminde ise az yoğun ancak daha uzun amplikon (177bç) boyutlarında sonuç alınmıştır. Aynı zamanda silika membran izolasyonunda fenol-kloroform metodunun aksine dekalsifikasyona gerek olmadığı ve PZR'nin 2. kuşakta sonuç verdiği görülmüştür. Kullanılan yöntem örnek özelinde değişiklik gösterebilmekle birlikte silika membran izolasyonu fenol-kloroform izolasyonuna kıyasla daha başarılı bulunmuştur.