AVPR2 proteininin homoloji temelli üç boyutlu yapı modellemesi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji A.B.D., Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2017

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: OFCAN OFLAZ

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): HATİCE MERGEN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Proteinler bütün organizmalarda bulunan ve birçok fizyolojik sürece doğrudan katılan amino asit dizilerinden oluşan eşsiz moleküllerdir. Bir proteinin üç boyutlu yapısı o proteinin biyolojik önemini ve süreç içerisindeki görevini belirleyen faktörler arasında sayılabilir. Mutasyonların proteinlerin moleküler yapısı ve işlevi üzerine olan etkisi oldukça önemlidir. Protein dizisindeki herhangi bir değişim protein içindeki etkileşim kuvvetlerinin dengesini bozarak belirli bir bölgeyi ya da bütünü etkileyebilir. Protein yapılarındaki bu değişiklikler günümüzde biyoinformatik araçlar kullanılarak değerlendirilmektedir. Biyoinformatik; genetik, klinik, yapısal biyoloji ve biyokimya alanları dahil olmak üzere disiplinler arasında bağ kurmaktadır. Biyoinformatiğin alanı olan homoloji temelli modelleme çalışmaları proteinlerin üç boyutlu yapısını tahmin etmeye çalışmaktadır. Çalışılan proteinlerin fiziko-kimyasal özelliklerinin bilinmesi ve proteinlerin üç boyutlu homoloji modelleme çalışmaları proteinlerin üç boyutlu yapılarının değerlendirilmesinde önemlidir. Bir proteinin mutant ya da yabanıl tipinin üç boyutlu yapısının bilinmesi protein-protein, protein-ligant ve doking çalışmalarında önemli rol oynar. Bu çalışmanın amacı, in-vitro mutasyon fonksiyon analiz çalışmaları araştırma grubumuz tarafından tamamlanmış olan mutant AVPR2 protein homoloji modellemelerini biyoinformatik araçlar kullanılarak elde etmek, fiziko-kimyasal özelliklerini belirlemek ve elde edilen sonuçları ilgili proteinlerin in-vitro fonksiyon analiz çalışmalarından elde edilen sonuçlar ile birarada değerlendirmektir. Bu amaçla yapılan çalışmalarda, yabanıl tip AVPR2 ve ΔR67_G69, G107W, ΔR67_G69/G107W, R68W, V162A ve T273M mutant tip AVPR2 modelleri Swiss-Model homoloji modelleme veri tabanı ile çıkarılmıştır. Yabanıl tip ve mutant tip modellerin fiziko-kimyasal özellikleri ProtParam programı ile hesaplanmıştır. Yabanıl ve mutant tip modeller Chimera programında görselleştirilerek incelenmiştir. Oluşturulan modeller, fiziko-kimyasal hesaplamalar ve mutasyon fonksiyon analizleriyle beraber değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, tez kapsamında çalışılan bütün modellerin mutasyon fonksiyon analizlerin, fiziko-kimyasal hesaplamalar sonucu elde edilen verilerin ve oluşturulan modellerin birbirlerini desteklediği belirlenmiştir. İn-vitro mutasyon analizleri, homoloji modelleme çalışmaları ve hastaların klinik durumları birlikte değerlendirildiğinde bu çalışma gelecekteki tedavi amaçlı doking ve modelleme çalışmalarında kullanılabilecek bilgiler sunmaktadır.