Siyalik asit içeren glikopeptitlerin hızlı ve etkin kütle spektrometrik analizleri için geçiş metal oksitleri kullanılarak seçimli olarak zenginleştirilmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BURAK TAVŞANLI
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): BEKİR SALİH
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Proteinler, çeşitli biyolojik fonksiyonları gerçekleştirmek ve bu fonksiyonları düzenlemek adına çeşitli değişikliklere uğramaktadırlar. Post-translasyonel modifikasyonlar (PTM) olarak adlandırılan bu değişiklikler, birçok hücresel önemli faaliyetleri yürüttüğünden bu modifikasyonların hücre fonksiyonu içerisindeki rollerinin araştırılması son yıllarda büyük önem kazanmıştır. En sık rastlanan post-translasyonel modifikasyonlardan birisi olan glikozilasyon, hücre içerisindeki enzimatik tepkimeler sonucunda oluşmakta ve O-glikozilasyon ve N-glikozilasyon olmak üzere iki farklı türü bulunmaktadır. Glikozilasyon ile hücreler arası etkileşim ve sinyal iletimi gibi pek çok önemli fonksiyon işlevsel hale gelmektedir. Bu süreçlerin fonksiyonlarında gerçekleşen çeşitli bozulmalar kanser, alkolizm ve benzeri bazı hastalıklar ile ilişkilendirilmiştir. Bu tez kapsamında, gadolinyum (III) oksit, titanyum (IV) oksit, tantal (V) oksit, zirkonum (II) oksit, nikel (II) oksit ve demir (III) oksit gibi çeşitli geçiş metal oksitleri kullanılarak saflaştırılan ve zenginleştirilen glikopeptitler, Matriks Yardımlı Lazer Desorpsiyon/İyonlaştırmalı Kütle Spektrometresi (MALDI-MS) ve Elektrosprey İyonlaşmalı Kütle Spektrometrisi (ESI-MS) ile incelenmiştir. Geçiş metal oksitleri ile glikopeptitler arasındaki etkileşimler, glikopeptit yapılarında yer alan siyalik asit grupları ile pozitif yüklü metal iyonları arasında gerçekleşmiştir. Bu etkileşimler vasıtasıyla glikopeptitler, enzimatik parçalanma sonucu oluşan peptit karışımı içerisinden seçimli olarak ayrılmıştır. Zenginleştirilen glikopeptitler metal oksit yüzeyinden desorplanarak, hızlı ve etkin bir biçimde MALDI-MS ve ESI-MS cihazları ile analiz edilmiştir. Zenginleştirme çalışmaları için en uygun koşulları sağlamak amacıyla, yükleme tamponu çözeltisi pH'sı, yükleme tamponundaki glikolik asit derişimi ve yıkama çözeltileri bileşenleri farklı bileşen ve oranlarda denenmiş ve en uygun koşullar saptanmıştır. Tezin son aşamasında ise, siyalik asit içeren glikopeptitlerin, peptit bölgelerinin incelenmesi amacıyla peptitlere ait oligosakkarit bölgeleri PNGase F enzimi ile uzaklaştırılmıştır. Bu şekilde glikolizasyona uğrayan peptideler, zenginleştirme sonrası, kısa zamanda ve doğru bir şekilde tayin edilmiştir.