Plazmine karşı peptit inhibitörlerinin geliştirilmesi ve karakterizasyonu
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Gıda Mühendisliği A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: NURDAN ERSÖZ
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): FAHRİYE CEYDA DUDAK ŞEKER
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Faj gösterim peptit kütüphaneleri proteinler, inorganik yüzeyler ve küçük organik moleküller gibi çeşitli hedeflere seçici olarak ve yüksek afiniteyle bağlanan peptitlerin geliştirilmesinde önemli bir araç haline gelmiştir. Bu teknikteki başarılı gelişmelerle birlikte enzimlerin aktif bölgelerine bağlanan ve enzim aktivitesini düzenleyen peptitlerin geliştirilmesi sağlanmıştır. Özellikle, tıp ve biyoteknoloji alanında kritik öneme sahip proteazların enzim aktivitelerini inhibe eden peptitlerin geliştirilmesinde faj gösterim tekniğinin başarıyla kullanılması büyük ilgi uyandırmıştır. Gerçekleştirilen çalışmada, faj gösterim yöntemi kullanılarak süt ve süt ürünlerinde kaliteyi olumsuz yönde etkileyen plazmin enzimine karşı peptit inhibitörlerin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda, faj gösterim kütüphanesi kullanılarak, plazmine yüksek afiniteyle bağlanan faj klonları iki farklı geri kazanım yöntemi kullanılarak seçilmiştir. Seçilen faj klonlarından inhibisyon etkisine sahip olanların değişken bölge DNA sekansları ve kodladıkları peptit dizilimleri belirlenmiştir. Plazminin spesifik kesim noktaları çıkartılarak modifiye edilen peptitlerin inhibitör özelliklerinin arttığı görülmüştür. İnhibisyon etkisine sahip PI-S14M ve PI-24M peptitlerinin, inhibisyon kinetikleri incelendiğinde PI-S14M peptitinin karışık tip inhibisyon özelliği gösterirken, PI-24M peptitinin yarışmalı tip inhibisyona uyum gösterdiği belirlenmiştir. Bununla birlikte PI-S14M peptitinin inhibisyon sabiti (Ki: 216 µM) PI-24M'in değerinden (Ki: 551 µM) daha düşük bulunmuştur. Bu PI-S14M peptitinin inhibisyon yeteneğinin daha yüksek olduğunu göstermiştir. İzotermal titrasyon kalorimetresi ile enzim-inhibitör etkileşiminin termodinamik özellikleri ve bağlanma katsayıları saptanmıştır. Termodinamik parametreler PI-S14M peptitinin plazmine karşı daha yüksek affinite, desolvasyon etkisi ile daha sıkı bağlanma eğilimi olduğunu göstermiştir. Peptitlerin plazmine karşı seçiciliklerinin belirlenmesi için inhibitörlerin insan sindirim proteazlarından olan pepsin ve tripsin aktiviteleri üzerindeki etkileri incelenmiştir. Her iki peptit de diğer proteazların aktivitelerini önemli düzeyde etkilememiştir. PI-S14M inhibitör peptiti gıda denemelerinde de kullanılmış ve süt örneği gibi yoğun ve karmaşık bir ortamda plazmin aktivitesini gözle görülür şekilde engellemiştir. Çalışmanın sonucunda, faj gösterim tekniği kullanılarak gıda alanında önemli bir enzim olan plazmine karşı inhibitör peptitler geliştirilmiştir. Ayrıca, peptit dizilimleri üzerinde yapılan modifikasyonlarla peptitlerin inhibitör özelliklerinin arttırılabileceği ortaya konmuştur. Elde edilen sonuçlar, gıda kalitesinde ve proseslerinde kritik öneme sahip enzimlerin aktivitelerinin düzenlenmesinde faj gösterim yöntemi kullanılarak seçilen peptitlerin kullanılabileceğini göstermektedir.