İnvaziv enfeksiyonlardan izole edilen acinetobacter baumannii suşlarındaki direnç genlerinin kliniğe yansıması ve izolatlar arasındaki klonal yaygınlığın araştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi (Türkçe), Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2015
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BARIŞ BORAL
Danışman: Özgen Eser
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Acinetobacter baumannii enfeksiyonu tüm dünyada artmaktadır. Mikroorganizma, modern sağlık sistemlerindeki en başarılı patojenlerden biridir. A. baumannii'de direnç oranları son yıllarda hızla artmıştır. Bu çalışmanın amacı, Türkiye'deki beş coğrafik bölgedeki yoğun bakım ünitesinde tedavi gören, invaziv A. baumannii enfeksiyonu olan hastaların demografik özelliklerinin araştırılması ve klinik izolatların antimikrobiyal direncinin ve moleküler epidemiyolojisinin belirlenmesidir. Çalışmada; Türkiye'de Ege, İç Anadolu, Doğu Anadolu, Marmara ve Akdeniz Bölgelerindeki 10 tıp merkezinden 6 ay boyunca toplanan, yoğun bakım ünitesinde tedavi gören invaziv A. baumannii enfeksiyonu olan hastalardan alınan örnekler ve A. baumannii kolonizasyonunu belirlemek için çevresel örnekler değerlendirildi. Çalışmaya 10 merkezden toplam 164 klinik A. baumannii izolatı ile 4 merkezden toplam 12 çevresel A. baumannii izolatı dahil edildi. İzolatlar öncelikle otomatize sistemlerle tanımlandı, daha sonra konvansiyonel testlerle ve blaOXA-51 geni pozitifliği ile doğrulandı. Antimikrobiyal duyarlılık testleri CLSI M100-S24 kriterleri dikkate alınarak, 6 farklı antibiyotik (amikasin, ampisilin-sulbaktam, seftazidim, siprofloksasin, imipenem ve kolistin) kullanılarak mikrodilüsyon yöntemiyle gerçekleştirildi. İzolatlar ve merkezler arasındaki genetik ilişkiyi belirlemek için pulse-field jel elektroforez (PFGE) yöntemi kullanıldı. 164 hasta için atfedilebilir mortalite oranı %58 olarak belirlendi. Atfedilebilir mortalite için risk faktörleri arasında dibates mellitus [risk oranı (HR): 2.74; p=0.026], karaciğer yetmezliği (HR: 4.27; p=0.047), kemoterapi (HR: 3.69; p=0.03) ve önceden kinolon kullanımının (HR: 3.64; p=0.01) yer aldığı görüldü. Antibiyotik duyarlılık testleri ile PCR uygulanan 171 A. baumannii izolatından, 169'unun (%98.8) blaOXA-23, beşinin (%2.9) blaOXA-58, bunlardan birinin (%0.6) her iki geni taşıdığı ve beş (%2.9) izolatın blaPER-1 pozitif olduğu görüldü. İzolatlarda blaNDM, blaKPC, blaOXA-48 tespit edilmedi. Antibiyotik direnç oranları amikasin, ampisilin-sulbaktam, seftazidim, imipenem, siprofloksasin ve kolistin için sırasıyla; %91.8, %99.4, %99.4, %99.4, %100.0 ve %1.2 olarak belirlendi. Toplam 4 merkezden 12 çevresel A. baumannii izolatı; hasta masasından, lavabodan, musluktan ve pompadan izole edildi. Çok ilaca direnç gösteren çevresel ve hasta izolatlarında en duyarlı antibiyotik kolistin olarak belirlendi. Çevresel izolatları da kapsayan 173 izolatın PFGE analizi ile 87 pulsotip belirlendi. 16 izolat klonal olarak ilişkisiz bulundu. Kalan 157 izolatın (%90.8), %85 benzerlik seviyesinde 14 farklı grupta (I‒XIV) yer aldığı ve Grup VI (n=29), Grup II (n=24) ve Grup IX (n=21)'un ana gruplar olduğu görüldü. Grup VI'da yer alan izolatların tümü İç Anadolu Bölgesi'ndeki 5 merkezden elde edildi. Bu çalışma, Türkiye'de A. baumannii enfeksiyonlarına yönelik olarak gelecekteki profilaktik ve terapötik seçeneklerin oluşturulmasında önemli bir temel oluşturmaktadır. İnvaziv ÇİD A. baumannii enfeksiyonlarında kolistin halen en etkili antibiyotiktir ve bu hastaların tedavisinde karbapenemlerin yerine geçmiştir. İzolatların %90.8'sinde görülen klonal ilişki, Türkiye'deki farklı bölgelerdeki invaziv çok ilaca dirençli A. baumannii izolatlarının dağılımının büyük farklılıklar oluşturmadığını göstermektedir.Acinetobacter baumannii enfeksiyonu tüm dünyada artmaktadır. Mikroorganizma, modern sağlık sistemlerindeki en başarılı patojenlerden biridir. A. baumannii'de direnç oranları son yıllarda hızla artmıştır. Bu çalışmanın amacı, Türkiye'deki beş coğrafik bölgedeki yoğun bakım ünitesinde tedavi gören, invaziv A. baumannii enfeksiyonu olan hastaların demografik özelliklerinin araştırılması ve klinik izolatların antimikrobiyal direncinin ve moleküler epidemiyolojisinin belirlenmesidir. Çalışmada; Türkiye'de Ege, İç Anadolu, Doğu Anadolu, Marmara ve Akdeniz Bölgelerindeki 10 tıp merkezinden 6 ay boyunca toplanan, yoğun bakım ünitesinde tedavi gören invaziv A. baumannii enfeksiyonu olan hastalardan alınan örnekler ve A. baumannii kolonizasyonunu belirlemek için çevresel örnekler değerlendirildi. Çalışmaya 10 merkezden toplam 164 klinik A. baumannii izolatı ile 4 merkezden toplam 12 çevresel A. baumannii izolatı dahil edildi. İzolatlar öncelikle otomatize sistemlerle tanımlandı, daha sonra konvansiyonel testlerle ve blaOXA-51 geni pozitifliği ile doğrulandı. Antimikrobiyal duyarlılık testleri CLSI M100-S24 kriterleri dikkate alınarak, 6 farklı antibiyotik (amikasin, ampisilin-sulbaktam, seftazidim, siprofloksasin, imipenem ve kolistin) kullanılarak mikrodilüsyon yöntemiyle gerçekleştirildi. İzolatlar ve merkezler arasındaki genetik ilişkiyi belirlemek için pulse-field jel elektroforez (PFGE) yöntemi kullanıldı. 164 hasta için atfedilebilir mortalite oranı %58 olarak belirlendi. Atfedilebilir mortalite için risk faktörleri arasında dibates mellitus [risk oranı (HR): 2.74; p=0.026], karaciğer yetmezliği (HR: 4.27; p=0.047), kemoterapi (HR: 3.69; p=0.03) ve önceden kinolon kullanımının (HR: 3.64; p=0.01) yer aldığı görüldü. Antibiyotik duyarlılık testleri ile PCR uygulanan 171 A. baumannii izolatından, 169'unun (%98.8) blaOXA-23, beşinin (%2.9) blaOXA-58, bunlardan birinin (%0.6) her iki geni taşıdığı ve beş (%2.9) izolatın blaPER-1 pozitif olduğu görüldü. İzolatlarda blaNDM, blaKPC, blaOXA-48 tespit edilmedi. Antibiyotik direnç oranları amikasin, ampisilin-sulbaktam, seftazidim, imipenem, siprofloksasin ve kolistin için sırasıyla; %91.8, %99.4, %99.4, %99.4, %100.0 ve %1.2 olarak belirlendi. Toplam 4 merkezden 12 çevresel A. baumannii izolatı; hasta masasından, lavabodan, musluktan ve pompadan izole edildi. Çok ilaca direnç gösteren çevresel ve hasta izolatlarında en duyarlı antibiyotik kolistin olarak belirlendi. Çevresel izolatları da kapsayan 173 izolatın PFGE analizi ile 87 pulsotip belirlendi. 16 izolat klonal olarak ilişkisiz bulundu. Kalan 157 izolatın (%90.8), %85 benzerlik seviyesinde 14 farklı grupta (I‒XIV) yer aldığı ve Grup VI (n=29), Grup II (n=24) ve Grup IX (n=21)'un ana gruplar olduğu görüldü. Grup VI'da yer alan izolatların tümü İç Anadolu Bölgesi'ndeki 5 merkezden elde edildi. Bu çalışma, Türkiye'de A. baumannii enfeksiyonlarına yönelik olarak gelecekteki profilaktik ve terapötik seçeneklerin oluşturulmasında önemli bir temel oluşturmaktadır. İnvaziv ÇİD A. baumannii enfeksiyonlarında kolistin halen en etkili antibiyotiktir ve bu hastaların tedavisinde karbapenemlerin yerine geçmiştir. İzolatların %90.8'sinde görülen klonal ilişki, Türkiye'deki farklı bölgelerdeki invaziv çok ilaca dirençli A. baumannii izolatlarının dağılımının büyük farklılıklar oluşturmadığını göstermektedir.