Kalıtsal retina dejenerasyonlarında DNA mikroarray yöntemiyle yüksek ölçekli genom taraması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2010
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: DİDEM YÜCEL
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): RIZA KÖKSAL ÖZGÜL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Retinitis pigmentosa (RP) ve Leber'in konjenital amorozisi (LCA) oldukça yüksek klinik ve genetik çeşitlilik gösteren kalıtsal retina dejenerasyonları arasındadır. Bu çalışmada, yüksek veri analizine imkan veren ve genomboyu genotiplendirme için etkin bir metot olan Affymetrix 250K SNP mikrodizin (mikroarray) yöntemi kullanılarak arRP ve LCA tanısı konulan on Türk ailede yer alan toplam elli yedi bireye ait genomik DNA genotiplendirilerek, hastalıktan sorumlu lokus ve genler başarılı şekilde tanımlanmıştır. Genotiplendirme verileri değerlendirilerek homozigotluk haritalaması yapılmış, haritalama sonuçları değerlendirildiğinde arRP ve LCA'lı hasta bireylerin RDH12, CERKL, CRB1, AIPL1, USH2A ve EYS genleri ile bağlantı gösterdiği bulunmuştur. RDH12, CERKL, CRB1 ve AIPL1 genlerinin tüm ekzonları, direkt DNA dizi analizi ile mutasyonlar açısından taranmıştır. Mutasyon taramaları sonucunda AIPL1 geninde Q141X, CRB1 geninde 701dupACAGG(fs)?710X, CERKL geninde IVS1+5G>C olmak üzere üç yeni mutasyon ve RDH12 geninde ise daha önce tanımlanmış T49M mutasyonu saptanmıştır. RDH12, CERKL, CRB1 ve AIPL1 genlerindeki mutasyonlar farklı toplumlarda tüm arRP ve LCA mutasyonlarının %1-5' inden sorumlu bulunmuştur.Mutasyon olasılığının düşük olmasından dolayı bu genler mutasyon tarama çalışmaları için seçilecek ilk aday genler arasında değildir. Bu nedenle hastalığa neden olan mutasyonların saptanmasında tek tek bu genlerin incelenmesi yerine, tüm genomun taranmasına ihtiyaç vardır. Bu yaklaşım, küçük ailelerde ve tek hasta bireylerde bile kalıtsal göz hastalıklarından sorumlu genlerin ve patojenik mutasyonların tanımlanması için oldukça etkindir.