Adli DNA analizlerinde kullanılmak üzere multipleks STR kiti oluşturulması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: İBRAHİM SEMİZOĞLU
Danışman: Hatice Mergen
Özet:Adli DNA analizleri, gerek dayandığı bilimsel temeller ile ölçülebilir nicel sonuçlara ulaşılabiliyor olması gerekse doğrudan kişiler ile ilişkilendirilebilmesi sebepleri ile adli bilimler alanında altın standart olarak sınıflandırılan bilim dallarındandır. Bu sebeple adli kolluk güçlerinin ve adli yargı makamlarının suç olaylarının çözümünde deliller uygunsa mutlaka kullandıkları bir araçtır. Günümüzde adli DNA analizleri olay yerinde bulunan delillerin üzerinde biyolojik artık tespitiyle başlar. Bulunan biyolojik artıklardan yeterli miktar DNA saflaştırıldıktan sonra elde edilen DNA profili, referans örnekler ve olay yerinden elde edilen diğer DNA profilleri ile karşılaştırılarak elde edilen uyum veya uyumsuzluklar rapor edilir. Son olarak elde edilen DNA profili –varsa- DNA Veri Bankasında taranır ve daha sonra elde edilecek profiller ile karşılaştırmak üzere DNA Veri Bankasına kaydedilirler. DNA profili; insan hücrelerinden elde edilen ve yukarıda belirtildiği gibi insanlar arasındaki genetik çeşitliliği sağlayan gen bölgelerinin incelenmesi neticesinde ortaya çıkan "barkod" benzeri adlandırmalardır. Adli DNA analizlerinde yüksek polimorfizm göstermeleri sebebi ile STR bölgeleri kullanılır. Aynı anda onlarca Short Tandem Repeat (Ardışık Kısa Tekrarlı) bölgesinin analizi multipleks PZR kitleri ile standartlaştırılmıştır. Ancak zaman içinde cihaz, yazılım ve PZR teknolojisi tekelleştirilmiş ve birbirine bağlı analizler zinciri oluşturularak DNA parçacık analizi ile bu analiz temelli yöntemle belirli bir çerçeve içine sıkıştırılmıştır. Bu tez çalışması kapsamında; mevcut STR kitlerinden daha yüksek ayrım gücüne sahip ve uluslararası standartlara uygun bir STR analiz yönteminin geliştirilmesi, geliştirilen bu analiz yöntemi ile elde edilen verilerin saklanması, analizi, arşivlenmesi, karşılaştırılması ve raporlanması ile ilgili sorunların çözümüne yönelik bir yazılım geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 17 STR bölgesine yönelik primerler dizayn edilmiş, fragment analizleri ve optimizasyon çalışmaları yapılmış, ayrıca analiz, değerlendirme ve formül algoritmaları yazılım dili ile kodlanmıştır. Sonuç olarak PZR, Touchdown PZR, Kapiller Elektroforez teknikleri yanında analiz, formulasyon ve formül algoritmalarının yazılım dili ile kodlanarak yazılıma çevrilmesi ile aslında sadece adli DNA analizlerinde kullanılmak üzere STR tanı kiti oluşturulmamış, aynı zamanda farklı ve alternatif analiz kurgusu oluşturulmuştur. Ortaya çıkan analiz metodolojisi sadece adli DNA analizlerinde değil Fragment, Real-Time PZR ile sekans analizleri dâhil bir grup yöntemde de kullanılacak şekilde tamamlanmıştır.