MALDI-MS ile etkin fosfopeptit analizleri için sol-jel yüzeylerin geliştirilmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2010
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MEHMET ATAKAY
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): BEKİR SALİH
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Fosforilasyon, yapıya fosfat grubunun katılması sonucunda hücresel proteinlerde en sık karşılaşılan post-translasyonel modifikasyondur. Hücresel faaliyetlerde görev alan fosfoproteinlerin yapılarının aydınlatılması için günümüzde en etkin teknik olarak kütle spektrometrisi kullanılmaktadır. Fakat fosfopeptitlerin kütle spektrometrik analizler için oldukça önemli bir parametre olan iyonlaşma verimleri düşüktür. Ayrıca hücre içerisindeki proteinlerin fosfatlanma yüzdelerinin genelde düşük olması nedeniyle oluşacak fosfopeptitlerin derişimleri, kullanılan kütle spektrometrik tekniklerin tayin sınırlarının altında kalmaktadır. Bu sorunların çözülmesi amacıyla fosfopeptitlerin kütle spektrometresi ile analiz edilmeden önce bulundukları ortam içerisinden seçimli olarak ayrılıp belli bir yerde toplanarak miktarlarının arttırıldığı zenginleştirme çalışmaları yapılmaktadır.Bu tez kapsamında MALDI-MS yöntemi ile yapılan fosfopeptit analizlerinin etkinliğinin arttırılabilmesi amacıyla fosfopeptitler üzerindeki fosfat gruplarına seçimli olmaları amaçlanan farklı metal (Ti, Zr, Ta) içerikli ve amin fonksiyonel gruplu sol-jeller sentezlenmiş ve etkili fosfopeptit zenginleştirme yöntemleri geliştirilmiştir. Örnek hazırlama sırasında 2,5-dihidroksibenzoik asit matriksinin çözeltisine yapılan fosforik asit katkısının fosfopeptitlerin MALDI-MS sonuçlarını iyileştirdiği gözlenmiştir. Sentezlenen farklı metal içerikli ve amin fonksiyonel gruplu sol-jeller kullanılarak geliştirilen fosfopeptit zenginleştirme yöntemleri için adsorpsiyon, yıkama ve elüsyon basamaklarında ortamda bulunan türler ve ortamın pH değeri gibi parametrelerin oldukça önemli olduğu sonucuna varılmıştır. Bunun yanı sıra, poli(etilen glikol) polimerinin sol-jel yapılarına dahil olmasıyla malzemenin gözenekliliğinin ve sol-jelin fosfopeptit zenginleştirilmesindeki verimliliğinin arttığı gözlenmiştir. Elde edilen tekrarlanabilir sonuçlara göre, sentezlenmiş olan farklı metal içerikli ve amin fonksiyonel gruplu sol-jel malzemelerin koşulları en uygun hale getirilmiş yöntemlerle birlikte fosfopeptit zenginleştirme çalışmalarında başarıyla kullanılabilecekleri gösterilmiştir.