İnvasiv duktal meme karsinoması ile ilişkili yanlış anlamlı mutasyonların olası yapısal ve fonksiyonel etkilerinin in silico tahmini ve değerlendirilmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, BİYOENFORMATİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2018
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MELDA ARSLANTAŞ GÜZEL
Danışman: Ceren Sucularlı
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:İnvasiv Duktal Meme Karsinoması tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de önemli bir sorundur. İn situ meme kanseri hastaları için beş yıllık sağ kalım % 52 olmasına karşılık, metastatik meme kanseri hastaları için bu oran % 16'ya düşmektedir. Yüksek ölüm oranı ve etkili tedavilerin olmaması nedeniyle, metastasın önlenmesi ve tedavisi kanser araştırmalarının odak noktasıdır. Bu çalışmada, somatik mutasyon kataloğu COSMIC veri tabanından elde edilen İnvasiv Duktal Meme Karsinoması ve invasiv olmayan meme karsinoması türü olan İn Sitü Duktal Karsinoma örneklerine ait yanlış anlamlı mutasyonlardan sadece İnvasiv Duktal Meme Karsinomaya ait olanların seçilerek bu mutasyonların etkilerinin in silico olarak araştırılması, protein yapısı ve fonksiyonu üzerinde zararlı etkiye sahip mutasyonların saptanması amaçlandı. Yanlış anlamlı mutasyonların patojenite tahminleri PredictSNP v1 kullanılarak gerçekleştirildi ve 69 adet zararlı mutasyona sahip gen elde edildi. Elde edilen genlerin hangi yolaklara ait oldukları saptanarak İnvasiv Duktal Meme Karsinoması'nın invasyon ve metastasa sebep olabileceği düşünülen 'aderens bağlantı yolağı' ileri araştırmalar için seçildi. Bu yolağa ait genlerin (RHOA, Ep300, TCF7L2, CTNNB1, CREBBP ve EGFR) üç boyutlu protein yapıları oluşturuldu ve genlerde saptanan mutasyonların üç boyutlu protein yapıları üzerinde gösterilmeleri ve protein yapı/fonksiyonuna etkileri araştırıldı. Saptanan mutasyonlar ile ilgili literatür taraması yapıldığında farklı kanserlerde de bu mutasyonların meydana geldiği gözlemlendi ve bu mutasyonların İnvasiv Duktal Meme Karsinoması için de önemli olabileceği gösterildi. Bu nedenlerle, bulgularımız İnvasiv Duktal Meme Karsinomasının invasyon ve metastası için anlamlı sonuçlar sağlayabilir.