Fosfopeptitlerin çözünmeyen geçiş metal oksitleri üzerinde seçimli zenginleştirilmesi ve MALDI-MS ile doğrudan tayinleri
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: GİZEM KAYNAR
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): BEKİR SALİH
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Hücresel faaliyetlerin düzenlenmesi, post-translasyonel modifikasyonlar ile gerçekleşmektedir. Bu modifikasyonlardan en sık rastlananı ise fosforilasyondur. Protein yapılarının fosforilasyonu, fosfat grubunun bir veya daha fazla amino asite tersinir bir şekilde kovalent olarak bağlanmasıdır. Hangi proteinin ne zaman, nerede ve kim tarafından fosfatlanacağının anlaşılması birçok hücre içi sinyal iletim mekanizmasının anlaşılmasında anahtar rol oynamaktadır. Hücresel faaliyetlerde görev alan fosfoproteinlerin yapılarının aydınlatılması için günümüzde en etkin teknik olarak kütle spektrometrisi kullanılmaktadır. Fakat fosfopeptitlerin kütle spektrometrik analizler için oldukça önemli bir parametre olan iyonlaşma verimlerinin ve hücre içerisindeki proteinlerin fosfatlanma yüzdelerinin düşük olması nedeniyle oluşacak fosfopeptit birimlerinin miktarları, analiz için kullanılacak olan kütle spektrometrik tekniklerin tayin sınırlarının altında kalmaktadır. Bu sorunların çözülmesi amacıyla fosfopeptitlerin kütle spektrometrisi ile analiz edilmeden önce bulundukları ortamdan seçimli olarak ayrılıp belli bir yerde toplanarak, zenginleştirme çalışmaları yapılması gereklidir. Bu tez kapsamında; ß-kazein proteininin ve yağsız inek sütü örneklerinin enzimatik olarak parçalanmasından elde edilen peptit birimleri içerisinden pozitif yüklü nikel, bakır, kobalt, demir, gadolinyum, disprosiyum, vanadyum, molibden gibi geçiş metallerinin oksitleri kullanılarak saflaştırılan fosfopeptitler Matriks Yardımlı Lazer Desorpsiyon/İyonlaştırmalı-Kütle Spektrometresi (MALDI-MS) ile incelenmiştir. Fosfopeptitler ile geçiş metali oksitleri arasındaki etkileşimler, fosfopeptit yapılarında yer alan negatif yüklü fosfat grupları ile pozitif yüklü metaller arasında meydana gelmektedir. Bu etkileşimler sayesinde fosfopeptitler, enzimatik parçalanma sonucu oluşan peptit karışımı içerisinden özgün olarak ayrılıp, kullanılan geçiş metal oksitlerinin yüzeyleri üzerinde zenginleştirilmiştir. Zenginleştirilen fosfopeptitlerin doğrudan, kullanılan geçiş metal oksitlerinin yüzeylerinden kütle spektrometrik olarak analizleri yapılmıştır ve bu veriler, fosfopeptitler zenginleştirildikleri geçiş metal oksidi üzeriden desorbe edildikten sonra yapılan kütle spektrometrik analiz sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırma sonucunda desorpsiyon basamağına ihtiyaç olmadığı ve fosfopeptitlerin, kullanılan geçiş metal oksitlerinin yüzeyinden aynı başarı ile doğrudan kütle spektrometrik analizlerinin yapılabileceği tespit edilmiş ve bu yöntemin fosfopeptit zenginleştirme çalışmalarında başarıyla kullanılabileceği gösterilmiştir. Anahtar Kelimeler: Fosfopeptit, post-translasyonel modifikasyon, fosfopeptit zenginleştirme, MALDI-MS, metal oksit, fosfopeptit-metal oksit etkileşimleri.