Corynebacterium klinik izolatlarının fenotipik ve moleküler yöntemlerle tür düzeyinde tanımlanması ve farklı Corynebacterium türlerinde daptomisin ve vankomisin yüksek düzey direncinin hızlı ortaya çıkışının değerlendirilmesi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: TUĞBA KÜÇÜKBAHAR TUNCEL
Danışman: Özgen Eser
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Corynebacterium spp. enfeksiyonlarının tedavisinde vankomisin ve daptomisin son seçenek antibiyotikler olarak kullanılmakta, ancak bu tedaviyle birlikte hızla gelişen direnç önemli bir sorun oluşturmaktadır. Bu çalışmada, i) Corynebacterium spp. izolatlarının API Coryne (BioMérieux, Fransa) ticari kiti ile tanımlanması, ii) API Coryne ile tür düzeyinde tanımlanamayan Corynebacterium striatum, Corynebacterium amycolatum türlerinin polimeraz zincir tepkimesi [(polymerase chain reaction, PCR)] yöntemiyle belirlenmesi, iii) Corynebacterium spp. izolatlarının farklı antibiyotiklere karşı in vitro duyarlılıklarının gradiyent test yöntemi ile belirlenmesi, iv) daptomisin ve vankomisine maruz kalması sonrası yüksek düzey daptomisin direnci (YDDD) ve yüksek düzey vankomisin direnci (YDVD) gösteren fenotiplerin ortaya çıkışının saptanması, v) oluşan yüksek düzey direnç fenotiplerin stabilitesinin araştırılması amaçlanmıştır. Ocak 2022-Ocak 2023 tarihleri arasında, Hacettepe Üniversitesi Merkez Laboratuvarında rutin mikrobiyolojik tanıda MALDI-TOF MS (MALDI Biotyper Bruker Daltonics, Bremen, Almanya) ile Corynebacterium spp. olarak tanımlanan izolatlar (s=150) çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatlar API Coryne ticari kiti ile yeniden tanımlanmıştır ve tür düzeyinde tanımlanamayan izolatlar için türe özgü primerler kullanılarak PCR yöntemiyle tür tayini yapılmıştır. İzolatların farklı antibiyotiklere karşı duyarlılıklarını saptamak için gradiyent test yöntemi uygulanmıştır. Bu izolatlarda YDDD/YDVD fenotipi varlığı ve YDDD/YDVD saptanan izolatlarda ise direncin stabilitesi incelenmiştir. API Coryne kullanılarak yapılan tanımlama sonucunda (s= 150) 135 izolat Corynebacterium cinsi tanımlanmıştır. API Coryne ile ayırt edilemeyen C. striatum ile C. amycolatum için uygun primerler kullanılarak PCR yapılmıştır. Bu yöntemle C. striatum (s= 74) ve C. amycolatum (s= 12) tür düzeyinde tanımlanmıştır. Antibiyotik gradiyent duyarlılık test sonuçlarına göre, eritromisin, sefotaksim ve penisilin için direnç oranları sırasıyla, %88,7 (133/150), %79,3 (119/150) ve %77,3 (116/150) olarak belirlenmiştir. Toplam 116 (%77,3) izolatta çok ilaca direnç tespit edilmiştir. Tüm izolatların vankomisin ve daptomisine duyarlı olduğu belirlenmiş, ancak üç izolatın linezolide duyarlı olmadığı gözlemlenmiştir. Ampisilin ve levofloksasin için CLSI M45-A3 rehberinde duyarlılık sınır değerleri mevcut olmadığından, bu antibiyotikler için MİK50 [MİK50AMP≥ 256, MİK50LEV ≥ 32] ve MİK90 [MİK90AMP≥ 256, MİK90LEV≥ 32] değerleri hesaplanmıştır. Bazı izolatlarda hem ampisilin (s= 82) hem de levofloksasin (s= 121) için gradiyent test şeridi etrafında inhibisyon zonu oluşmadığı tespit edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen izolatların daptomisine maruz kalması öncesi, daptomisin MİK50= 0,19 µg/mL, MİK90= 0,38 µg/mL olarak belirlenmiş olup dirençli suş saptanmamıştır; maruz kalması sonrası daptomisin MİK50= 96 µg/mL, MİK90> 256 µg/mL olarak saptanmıştır. YDDD saptanan 56 izolatın 39'unun (%69,64) direnç fenotipi, 10 gün boyunca yapılan pasajlar sonunda stabil şekilde [10.günde MİK > 256 µg/mL; s= 21 ve MİK= 256 µg/mL; s= 3] devam ederken 17 izolatın (%30,36) direnç fenotipinin stabil olmadığı tespit edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen izolatlarda vankomisine maruz kalması öncesi, MİK50= 0,50 µg/mL, MİK90= 0,75 µg/mL olarak belirlenmiş olup dirençli suş saptanmamıştır; maruz kalması sonrası vankomisin MİK50= 0,50 µg/mL, MİK90= 1 µg/mL olarak saptanmış, yalnız üç izolatın [C. striatum (s= 2), C. amycolatum (s= 1)] vankomisine yüksek düzeyde direnç geliştirdiği belirlenmiştir. YDVD saptanan üç izolatın direnç fenotipinin stabilitesi incelendiğinde bu izolatların ikinci pasaj sonrası direncini kaybettiği belirlenmiştir. Sonuç olarak, çalışmamızda Corynebacterium türlerinde daptomisin ve vankomisin antibiyotikleri için in vitro yüksek düzey direnç saptanmıştır. Bu yüksek düzey direncin özellikle daptomisin için belirgin düzeyde stabil olduğu gözlemlenmiştir. Corynebacterium'a bağlı gelişen enfeksiyonların tedavisinde özellikle daptomisin kullanımı durumunda tedavi altında direnç gelişebileceği ve tedavi başarısızlığına neden olabileceği akılda tutulmalıdır.