Kerevitte (astacus leptodactylus) varsayılan voltaj kapılı sodyum kanalı α alt birimi geninin klonlanması ve kanal proteininin moleküler özelliklerinin belirlenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyofizik A.B.D., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ÇAĞIL COŞKUN
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): NUHAN PURALI
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Membran potansiyeli değişimleri etkisinde açılıp kapanarak sodyum akımını üreten voltaj kapılı sodyum kanalları, uyarılabilir hücrelerde bilgi akışının birim sinyali olan "Aksiyon Potansiyeli"' nin oluşmasında ve yayılmasında kritik bir role sahiptirler. Pek çok memeli ve omurgasız türü için sodyum kanalı ve ilişkili proteinleri kodlayan genler klonlanmış ve dizileri açığa çıkarılmıştır. Sinirbilim alanındaki çalışmalarda sıklıkla model deney hayvanı olarak kullanılan kerevitte sodyum kanalının varlığı bilinmesine rağmen ilgili kanal geni ve proteini hakkında herhangi bir bilgi henüz mevcut değildir. Bu tez çalışmasında, kerevit ganglion dokusundan ters transkripsiyon yöntemiyle sentezlenen cDNA örnekleri ve benzer genlerde korunmuş bölgeler esas alınarak tasarlanmış olan primerler kullanılarak, ilk olarak bazı gen kısımları, daha sonra spesifik primerlerle ara kısımlar ve nihai olarak da RACE yöntemiyle 3' ve 5' uçları da tamamlanarak, 5793 bç uzunluğunda, kerevite ait voltaj kapılı sodyum kanalını kodladığı varsayılan kanal geni ilk defa olarak tarafımızdan klonlanmıştır. Varsayılan genin kodlayıcı açık okuma çerçeve dizisi KT187402.1 kodu ile Genbank üzerinden erişime açılmıştır. Klonlanan gene ait nükleotit dizisinin karşılık geldiği protein dizisine çevrilmesiyle elde edilen 1930 aa' lık peptit dizisinin, diğer türlere ait bilinen sodyum kanallarına, filogenetik komşulukla ilişkili olarak yüksek oranda (% 69-82) benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Ayrıca, elde edilen bu dizi sanal ortamda transmembran topoloji analizi ve hirofobisite testine tabi tutularak, klonlanan kısmın bazı yapısal ve moleküler özellikleri de belirlenmiştir. Bu bulgular değerlendirildiğinde, klonlanan genin, tipik bir voltaj kapılı sodyum kanalının sahip olduğu temel özelliklere sahip olduğu belirlenmiştir. Klonlanan genin dokuya özgü ifadesini belirlemek için yapılan kantitatif amplifikasyon çalışmaları sonucunda da, beklenildiği gibi bu genin en çok sinir dokusunda ifade olduğu gösterilmiştir.