Desmin and LaminB: Proteomic Analysis of Binding Partners of Two Differently Positioned Proteins


Kural Mangıt E., Ünver N., Dinçer P. R.

3. Ulusal Proteomik Kongresi, İstanbul, Turkey, 27 February 2020, pp.13

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • City: İstanbul
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.13
  • Hacettepe University Affiliated: Yes

Abstract

Amaç: Desmin kas kasılmasında görevli, z-diskleri birbirine bağlayan bir ara filament proteinidir. Lamin b ise çekirdek zarfının iç kısmıda bulunan çekirdek zarfı bütünlüğünün korunması, replikasyonun düzenlenmesi gibi görevler üstlenen bir ara filament proteinidir. Çekirdekte yerleşim gösteren lamin b ve sitoplazmik bir ara filament proteinin olan desminin birlikte çöktüğü daha önce tarafımızca yapılan çalışmada gösterilmiştir. Bu çalışmanın amacı ise etkileşim ağında yer alan diğer proteinlerin yüksek ölçekli kütle spektrometrisi kullanılarak tespit edilmesi ve desmin ve lamin b proteinlerinin görev aldıkları ortak yolakların analizi ile etkileşimin fonksiyonunun aydınlatılmasıdır. Yöntem: Çalışmada zebra balığı (Danio rerio) iskelet kası dokusundan protein izole edilerek desmin ve lamin b proteinlerine yönelik antikorlar kullanılmış ve birlikte-immün çöktürme yapılmıştır. İmmünçöktürme lizatı poliakrilamid jelde yürütülerek örnekler moleküler ağırlıklarına göre 5 fraksiyona ayrılmıştır. Fragmante edilen jel InGel digestion ile parçalanmıştır. Analizler için Thermo Scientific Q Exactive Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer with nano Liquid Chromatography cihazı kullanılmıştır. Analiz sonrası elde edilen ham veri MaxQuant Proteome Discoverer programı kullanılarak işlenmiştir. Bulgular: Desmin ve lamin B için olası etkileşim partnerleri belirlendikten sonra, elde edilen protein listeleri farklı veri tabanları kullanılarak analiz edilmiştir. Bağlanma partnerlerinin genel olarak aktin-, kalsiyum iyonu-, ATP-bağlayıcı, motor aktivitesi olan ve sitoiskelet organizasyonu, iskelet kası ve kardiyosit farklılaşması ile kas kasılmasında görevli proteinler olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca ilgi çekici bir biçimde transkripsiyonel bir kofaktör ve stres yanıtına cevapta görevli bir protein de listede görülmüştür. Sonuç: Desmin ve lamin b etkileşim ağında yer alan yeni aday proteinlerin tespit edilmesi ile bu iki proteinin etkileşiminin iskelet kası farklılaşması ve kasılmasında görev alabileceğine dair ilk defa öncül veriler elde edilmiştir. Elde edilen veriler ışığında fonksiyonel analizlerin yapılmasıyla kas fizyolojisine dair yeni bilgiler elde edilebilecektir. Çalışma Hacettepe Üniversitesi BAP Birimi tarafından desteklenmiştir (THD-2018-17210).