Antifungal Susceptibility Profiles and Clade Analysis of Clinical Candida auris Isolates: A Single-Center Study from Türkiye

Creative Commons License

Uzuntaş S. T., dinc b., Cebeci S. İ., DOĞAN A., Gülmez D., Arikan-Akdagli S.

Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, vol.31, no.1, pp.27-36, 2026 (ESCI, TRDizin)

Abstract

Introduction: Candida (Candidozyma) auris is a fungal pathogen that has drawn attention due to its high antifungal resistance rates, ability to persist on abiotic surfaces, and potential to cause healthcare-associated outbreaks. In addition to clade I, II, III, and IV reported from South Asia, East Asia, Africa, and South America, respectively, clade V has been confirmed in patients in Iran and clade VI in Singapore. The variabilities in antifungal efficacy and clinical presentation across different clades of C. auris underscore the importance of clade identification. Whole genome sequencing (WGS) is the gold standard for determining which clade C. auris isolates belong to. However, WGS is expensive and requires bioinformatics expertise. Cost-effective clade identification may be performed using the polymerase chain reaction (PCR)-based clade identification (ClaID) method. The aim of this study is to determine the clade of the clinical C. auris strains isolated at our center using the ClaID method and to determine the in vitro antifungal susceptibility profiles of the isolates. Materials and Methods: In this study, the ClaID method was applied to detect the clades of 28 C. auris isolates which were collected at Ankara Bilkent City Hospital between October 2021 and March 2023. The minimum inhibitory concentration (MIC, mg/L) values of the isolates for fluconazole, amphotericin B, anidulafungin, micafungin, itraconazole, voriconazole, posaconazole, and flucytosine were determined using the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) microdilution method. The MIC values obtained were interpreted according to the breakpoints and epidemiological cut off values documented by EUCAST or the Centers for Disease Control and Prevention tentative breakpoints. Results: The ClaID method identified all isolates as belonging to clade I. All isolates were resistant to fluconazole and susceptible- increased exposure to amphotericin B. One isolate was assessed as resistant to echinocandins (anidulafungin and micafungin). Conclusion: The C. auris isolates in this study were determined to belong to Clade I and our susceptibility results were consistent with the expected high fluconazole resistance for this clade. In one C. auris isolate, echinocandin resistance confirmed with a reference method was detected for the first time in our country. The results obtained in this study regarding clade analysis and in vitro antifungal susceptibility profiles are of particular significance as a remarkable contribution to the limited reported data in Türkiye.
Giriş: Candida (Candidozyma) auris yüksek antifungal direnç oranları, yüzeylerde kalıcı olabilmesi ve sağlık bakımı ilişkili salgınlarda etken olabilmesi nedeniyle dikkati çeken fungal bir patojendir. Sırasıyla Güney Asya, Doğu Asya, Afrika ve Güney Amerika’dan bildirilen klad I, II III ve IV’e ek olarak; klad V’in İran’da, klad VI’nın ise Singapur’da hastalarda ortaya çıktığı doğrulanmıştır. C. auris’in farklı kladlarında antifungallerin etkinliğinin ve klinik tablonun değişebilmesi, klad tespitini önemli kılmaktadır. C. auris izolatlarının hangi klada ait olduğunun belirlenmesinde tüm genom dizileme (WGS) altın standarttır. Ancak WGS pahalıdır ve biyoinformatik uzmanlığı gerektirmektedir. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) temelli Klad Tanımlama (ClaID) yöntemiyle maliyet etkin bir klad tanımlaması yapılabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, merkezimizde elde edilen C. auris izolatlarının hangi klada ait olduklarının ClaID yöntemiyle belirlenmesi ve izolatların antifungal duyarlılığının incelenmesidir. Materyal ve Metod: Bu çalışmada, Ankara Bilkent Şehir Hastanesinde Ekim 2021-Mart 2023 tarihleri arasında toplanan 28 C. auris izolatının ait olduğu kladın belirlenmesi için ClaID yöntemi uygulanmıştır. İzolatların flukonazol, amfoterisin B, anidulafungin, mikafun- gin, itrakonazol, vorikonazol, posakonazol ve flusitozin minimum inhibitör konsantrasyon (MİK, mg/L) değerleri European Committee on Antimicrobial Susceptibiliy Testing (EUCAST) mikrodilüsyon yöntemiyle belirlenmiştir. Elde edilen MİK değerleri, EUCAST direnç sınır değerlerine ve epidemiyolojik eşik değerlerine veya Centers for Disease Control and Prevention geçici sınır değerlerine göre yorumlan- mıştır. Bulgular: Çalışmada ClaID yöntemi, tüm izolatların klad I’e ait olduğunu tespit etmiştir. Tüm izolatlar flukonazole dirençli ve amfoteri- sin B’ye artmış dozda duyarlı bulunmuştur. Bir izolat ekinokandinlere (anidulafungin ve mikafungin) dirençli olarak değerlendirilmiştir. Sonuç: Çalışmadaki C. auris izolatlarının klad I’e ait oldukları belirlenmiş, duyarlılık sonuçlarımızın bu klad için beklenen yüksek fluko- nazol direnci ile uyumlu olduğu gözlenmiştir. Bir C. auris izolatında, ülkemizde ilk kez referans bir yöntem ile doğrulanmış ekinokandin direnci saptanmıştır. Klad analizi ve antifungal duyarlılık profillerine ilişkin bu çalışmada elde edilmiş olan sonuçlar, sınırlı ulusal verilere katkıda bulunması açısından önemlidir.