Akademik Veri Yönetim Sistemi
XXV. Ulusal Allerji ve Klinik İmmünoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 17 - 21 Kasım 2018
Tip III Herediter
anjiyoödem C1INH’in antijenik ve
fonksiyonel seviyelerinin normal olduğu HAÖ tipidir. Bugüne kadar Tip III HAÖ
ile ilişkili olarak Faktör XII (FXII), plasminojen (PLG) ve
angiopoietin-1(ANGPT-1) genlerinde mutasyonlar tanımlanmıştır ancak hastaların
çoğunda sorumlu gen belirlenememektedir.
Amaç: Bu çalışmada HAÖ
tip III ön tanısı almış ve F12, PLG ve ANGPT-1 genlerinde literatürde
belirlenmiş olan mutasyonları taşımayan bireylerde ve ailelerinde yeni nesil
dizileme ile hastalıktan sorumlu olabilecek yeni genlerin belirlenmesi
amaçlanmıştır.
Yöntem: Bu amaç için 25
aileden 75 bireyin tüm ekzom dizilemesi hedeflenmiştir. Çalışmaya bugüne kadar
6 aileden 18 birey alınmıştır. HÜNİTEK
bünyesindeki Ion S5 platformunda gerçekleştirilen ekzom dizileme sonrası her
birey için kalite kontrol basamaklarından geçen yaklaşık 50.000 değişiklik belirlenmiştir.
Bu değişikliklerden MAF değeri 0,01’den
büyük varyantlar elenmiştir. Geriye kalan varyantlar içerisinden
intronlara ve UTR’lara denk gelenler dışarıda bırakılmış, ekzonlar ve kesim
bölgelerindeki (splice site) değişiklikler seçilmiştir. Farklı aileler için kalıtım kalıbına göre homozigot
veya heterozigot varyantlar dikkate alınmıştır. Son filtreleme basamağı için Hacettepe Ekzom
Projesi (HÜ-BAP TAY-2015-7335) kapsamında dizilenen ve Herediter Anjioödem
kliniği gözlenmeyen bireyleri kapsayan “in-house” veri bankası (410 Birey/820
Allel) kullanılmıştır. İstatistiksel değerlendirmede Ion Reporter™, Torrent Variant Caller, IGV (Integrative Genomics Viewer), R ve HomSI üçüncü parti
biyoinformatik yazılımlarından yararlanılmıştır.
Sonuç:
Filtrelemeler sonucunda semptomatik bireylerde hastalıkla ilişkili olabilecek
heterozigot allel sayısı ailelerde 13, 125, 73, 65, 28 ve 105 olarak belirlenmiştir.
Fonksiyonları açısından incelendiğinde 7 gen aday olarak belirlenmiştir. Elde
edilen veriler ön veriler olup, ileri çalışmalarda aday genlerin sorumlu gen
olup olmadığını belirlemek için allelin ailedeki hasta bireylerde geçişi DNA
dizi analizi ile araştırılacaktır.
Bu
çalışma Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi
tarafından desteklenmiştir (Proje No:15260).