A pilot study for determining microorganisms in Lake Tuz, Turkey by metabarcoding approach


Creative Commons License

Küçükyıldırım Çelik S., Ünal H.

Avrupa Bilim ve Teknoloji Dergisi, vol.19, pp.366-374, 2020 (Peer-Reviewed Journal)

  • Publication Type: Article / Article
  • Volume: 19
  • Publication Date: 2020
  • Doi Number: 10.31590/ejosat.682557
  • Journal Name: Avrupa Bilim ve Teknoloji Dergisi
  • Journal Indexes: TR DİZİN (ULAKBİM)
  • Page Numbers: pp.366-374

Abstract


 Mikroskopi ve kültür tekniklerine dayanan geleneksel mikrobiyal yöntemler oldukça etkili olmalarına rağmen, çevresel örneklerde bulunan mikrobiyal türlerin yüksek çeşitliliğini tanımlamakta zaman zaman yetersiz kalmaktadır. Geçtiğimiz son yirmi yılda, moleküler teknikler önemli düzeyde gelişmiştir ve genomik yaklaşımlar mikroorganizmaların dağılımını daha kapsamlı ve nicel olarak tanımlamak için kullanılmaktadır. Bu pilot çalışmada, Tuz Gölü'nde bulunan prokaryotik ve ökaryotik mikroorganizmaların çeşitliliği metabarkodlama yaklaşımıyla araştırılmıştır. 16S / 18S rDNA dizilemesi sonuçlarına göre, örneklerde ortalama 29 arkeal, 23 bakteriyel ve 61 ökaryotik OTU belirlenmiştir ve prokaryotik OTU`ların oranı %65,3'tür. Tüm örneklerde, en çok belirlenen arkeal OTU Euryarchaeota şubesinden Haloquadratum walsbyi`e aittir ve en yaygın bakteriyel OTU`lar ise Salinibacter cinsinin üyelerine aittir. 18S rDNA sekanslama sonuçlarına göre, en çok gözlenen ökaryotik OTU, Dunaliella salina`dır. Bu çalışmada, in vitro kültürü yapılamayan birçok prokaryotik ve ökaryotik OTU tespit edilmiş ve veritabanlarındaki 16S rDNA sekanslarına % 97'den az benzerliği (% 92) olan bir OTU belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, Tuz Gölü'ndeki mikrobiyal toplulukların yapısının ve bileşiminin aydınlatılmasına katkıda bulunma potansiyeline sahiptir.