TIP III HEREDITER ANJIYOÖDEM ÖN TANILI HASTALARDA YENI NESIL DIZILEME ILE YENI GENLERIN ARAŞTIRILMASI: ÖN VERILER


Koşukcu C., Uysal Soyer Ö., Karakaya G., Şahiner Ü. M. , Damadoğlu E., Ocak M., ...More

XXV. Ulusal Allerji ve Klinik İmmünoloji Kongresi, Antalya, Turkey, 17 - 21 November 2018

  • Publication Type: Conference Paper / Unpublished
  • City: Antalya
  • Country: Turkey

Abstract

Tip III Herediter anjiyoödem C1INH’in antijenik ve fonksiyonel seviyelerinin normal olduğu HAÖ tipidir. Bugüne kadar Tip III HAÖ ile ilişkili olarak Faktör XII (FXII), plasminojen (PLG) ve angiopoietin-1(ANGPT-1) genlerinde mutasyonlar tanımlanmıştır ancak hastaların çoğunda sorumlu gen belirlenememektedir.

Amaç: Bu çalışmada HAÖ tip III ön tanısı almış ve F12, PLG ve ANGPT-1 genlerinde literatürde belirlenmiş olan mutasyonları taşımayan bireylerde ve ailelerinde yeni nesil dizileme ile hastalıktan sorumlu olabilecek yeni genlerin belirlenmesi amaçlanmıştır.

Yöntem: Bu amaç için 25 aileden 75 bireyin tüm ekzom dizilemesi hedeflenmiştir. Çalışmaya bugüne kadar 6 aileden 18 birey alınmıştır. HÜNİTEK bünyesindeki Ion S5 platformunda gerçekleştirilen ekzom dizileme sonrası her birey için kalite kontrol basamaklarından geçen yaklaşık 50.000 değişiklik belirlenmiştir. Bu değişikliklerden MAF değeri 0,01’den büyük varyantlar elenmiştir. Geriye kalan varyantlar içerisinden intronlara ve UTR’lara denk gelenler dışarıda bırakılmış, ekzonlar ve kesim bölgelerindeki (splice site) değişiklikler seçilmiştir. Farklı aileler için kalıtım kalıbına göre homozigot veya heterozigot varyantlar dikkate alınmıştır. Son filtreleme basamağı için Hacettepe Ekzom Projesi (HÜ-BAP TAY-2015-7335) kapsamında dizilenen ve Herediter Anjioödem kliniği gözlenmeyen bireyleri kapsayan “in-house” veri bankası (410 Birey/820 Allel) kullanılmıştır. İstatistiksel değerlendirmede Ion Reporter™, Torrent Variant Caller, IGV (Integrative Genomics Viewer), R ve HomSI üçüncü parti biyoinformatik yazılımlarından yararlanılmıştır.

Sonuç: Filtrelemeler sonucunda semptomatik bireylerde hastalıkla ilişkili olabilecek heterozigot allel sayısı ailelerde 13, 125, 73, 65, 28 ve 105 olarak belirlenmiştir. Fonksiyonları açısından incelendiğinde 7 gen aday olarak belirlenmiştir. Elde edilen veriler ön veriler olup, ileri çalışmalarda aday genlerin sorumlu gen olup olmadığını belirlemek için allelin ailedeki hasta bireylerde geçişi DNA dizi analizi ile araştırılacaktır.

Bu çalışma Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından desteklenmiştir (Proje No:15260).