Akademik Veri Yönetim Sistemi
Demirkol Canlı S. (Yürütücü), Kocatürk B., Güner Gebeş G., Güdeloğlu A., Baydar D.
TÜBİTAK Projesi, 2024 - 2027
Prostat kanseri erkeklerde en sık görülen kanser
türlerinden biri olup önemli bir sağlık problemidir. Patolojik inceleme sonrası
yapılan Gleason skorlaması hastalığın agresifliğinin değerlendirilmesi ve
tedavi planlamaları için çok etkili bir parametredir; yükselen skor, daha
agresif tümör anlamına gelir. Ancak iğne biyopsileri, her zaman tümörün
tamamını doğru ve kesin şekilde temsil edemez. Biyopsinin kapsadığı alanın
tümördeki en yüksek Gleason skorlu alanı içermemesi halinde, prostatektomide
daha yüksek Gleason skoru ile karşılaşılmaktadır. Bu durum hastalığın
olduğundan daha düşük dereceli olarak ele alınmasına sebep olmaktadır. Literatürde
PSA, prostat ağırlığı gibi klinik parametrelerin prostatektomide gleason skor
yükselmesi (upgrade) ile ilişkisi gösterilmiş olsa da bu parametrelerin tahmin
gücü sınırlıdır. Dolayısı ile bu amaç için tanımlanabilecek moleküler
belirteçlere ihtiyaç mevcuttur. Proje önerisinde özgün bir moleküler belirtecin
iğne biyopsisinde Gleason 3+3 görülen (düşük Gleason skorlu) tümörlerde
prostatektomide Gleason skor upgrade’ini tahmin etme gücünün ve
klinikopatolojik prognostik parametreler ile ilişkilerinin değerlendirilmesi
planlanmaktadır. Preliminer çalışmalarımızda prostat tümörlerine ait herkesçe
kullanıma açık transkriptomik verisetlerin biyoinformatik yöntemler ile analizi
temelinde mevcut tüm genlerin prostat kanserinde prognoz ve metastaz ile
ilişkisi in siliko
değerlendirilmiştir.
Bu çerçevede CSRP1 (Sistein ve glisin’den zengin
protein 1) geni, ifadesinin sağkalım, biyokimyasal nüks ve Gleason skoru ile
ilişkisi ve immunohistokimyada kullanmaya uygun ticari bir antikorunun
bulunması kriterleri açısından öne çıkarak, özgün aday biyobelirteç olarak belirlenmiştir. Proje
çerçevesinde CSRP1 ifadesinin, eşli biyopsi ve prostatektomi materyallerinde
immunohistokimya yöntemi ile kantifiye edilerek Gleason 3+3 skorlu hastalarda prostatektomide
upgrade ihtimalini tahmin gücünün değerlendirilmesi planlanmaktadır. CSRP1
proteininin aktin fiberler ile lokalize olup, aktin demetlerinin interaksiyonunu
stabilize ettiği bilinmektedir. Ayrıca ifadesinin stres gibi büyüme inhibe
edici faktörler ile indüklendiği ve hücre proliferasyonunu baskıladığı
fibroblastlarda gösterilmiştir. Bunun yanında hücre hareketliliğinin
regulasyonunda rol oynadığı rapor edilmiştir. Ancak bu ilişkilerin prostat
kanserinde değerlendirildiği bir çalışmaya literatürde rastlanmamaktadır.
Dolayısı ile bu genin prostat kanserinde prognostik klinik ve patolojik
parametreler ile ilişkilerinin moleküler temellerinin aydınlatılması amacıyla
CSRP1 ifadesinin siRNA yöntemi ile baskılanmasının proliferasyon ve migrasyona
etkisini incelemek hedeflerimiz arasındadır. Yine bu genin prognoz,
proliferasyon, migrasyon ilişkilerinin temelinde hangi mekanizmaların
olabileceği konusunu incelemek üzere genin yüksek ve düşük ifadeli olduğu tümör
alt-grupları biyoinformatik yöntemler ile analiz edilecektir. Bu sayede
CSRP1 ifadesinin düşük ve yüksek olduğu tümör gruplarında zenginleşmiş yolaklar
ile olası tümör baskılayıcı ve/veya iyi prognostik rolünün moleküler altyapısı
konusunda prostat kanserinde ilk veriler
elde edilmiş olacaktır. Hücre hattı ilaç hassasiyet veritabanları
kullanılarak prostat kanserinde ilk defa
CSRP1 ifadesi ile ilaç hassasiyet ilişkileri incelenerek, CSRP1’in prognostik ilişkilerinin
yanı sıra aynı zamanda alternatif tedavilere yanıtı belirleyebilecek aday bir
belirteç olma potansiyeli değerlendirilecektir.
Projenin bir yüksek lisans
öğrencisinin tez konusu olması ve dolayısıyla öğrenciye hem biyoinformatik hem
de wet-lab alanlarda bilimsel tecrübe kazandırması planlanmaktadır. Proje
dahilindeki patoloji, moleküler biyoloji ve biyoinformatik alanlarına dair
yaklaşımların multidisipliner çalışmaların yürütülmesi konusunda Dr. Seçil
Demirkol Canlı’ya tecrübe kazandırması mümkün olabilecektir. Proje ile ve
kurulacak kolaboratif işbirliklerinin sonraki bilimsel çalışmaların önünü
açması beklenmektedir.