Akademik Veri Yönetim Sistemi
Pınar A. (Yürütücü), Metan G., Şener B., Günalp A.
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, BAP Araştırma Projesi, 2001 - 2004
Kapsül polisakkaritine bağlı serotiplendirme, Streptococcus pneumoniae enfeksiyonlarının epidemiyolojisinde önemli bir yer tutmaktadır. Pnömokoklarda serotiplendirme, bakteri izolasyonunu takiben pahalı bir yöntem olan kapsül şişme reaksiyonu ile gerçekleştirilmektedir. Çalışmamızda kapsül şişme reaksiyonu yerine kullanılabilecek ve bakteri izolasyonu gerektirmeyen moleküler bir yöntem geliştirilmesi amaçlanmıştır. Ülkemizde pnömokokal enfeksiyonlardan en sık izole edilen serotiplerden 1, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 11, 14, 15, 18, 19A, 19F, 22 ve 23 çalışmaya dahil edilmiştir. Yöntemin geliştirilmesi amacıyla öncelikle serotipi bilinen stok bakteriler kültürde üretilmiştir. DNA'ları otomatize nükleik asit izolasyon sistemi ile saflaştırıldıktan sonra, kapsül sentezi ile ilişkili ve serotipler arasında heterojenitenin en sık saptandığı genlerden cpsA ve cpsB, S. pneumoniae'ya özgül olacak şekilde seçilen uygun primer seti kullanılarak PCR ile amplifiye edilmiştir. 1.8 kilobaz uzunluğundaki ürünler serotip 1 ilr heterodupleks analizine alınmıştır. Heterodupleks analizi ile elde edilen heterodupleks paternleri ve homodupleks ürünler %8'lik poliakrilamid jel elektroforezi ile gösterilmiştir. Jelde serotip 1, 6, 14, 19F ve 22 heterodupleks vermeyerek homodupleks grubunu oluşturmuş, serotip 3, 5, 7, 8, 9, 11, 15 ve 23 kendilerine özgül ayrı heterodupleks bant paternleri gösterirken, serotip 18 ve 19A kendilerine özgül fakat aynı paternde bant vermişlerdir. Serotip 5 ile yapılan heterodupleks analizinde, homodupleks grubunda bulunan serotip 1 ve 6, diğerlerinden ayrılmışlardır. Daha sonra yöntem, gerçek zamanlı florometrik nükleik asit saptama sistemine uyarlanmış, erime derecesi analizi ile heterodupleksler homoduplekslerden özgül prob gereksinimi duyulmadan ayrılmıştır. Sonuç olarak heterodupleks analizi ile serotiplendirme yöntemi, bakteri izolasyonuna gerek kalmadan, kısa sürede pnömokok serotip ön bilgisine ulaşılmasını sağlamaktadır.