Neolitik dönemde hayvan ve bitkilerin evcilleştirilmesi insan toplumlarının günlük yaşantısını çarpıcı ölçüde değiştirmiş, modern dünyanın günümüzde bildiğimiz haliyle inşa edilmesine olanak sağlamıştır. Bitkilerin evcilleştirilmesi avcı toplayıcı toplum anlayışından yerleşik düzene kalıcı olarak geçilmesine yardım etmiş ve ilk şehirlerin kurulmasını sağlamıştır. Hayvan evcilleştirmesi ise gıda ihtiyaçlarının karşılanmasının yanı sıra bu hayvanlardan elde edilen kemik, deri ve yün gibi materyaller ile insan hayatını kolaylaştırmıştır. Atlar ise diğer çiftlik hayvanlarının evcilleştirilmesinden farklı olarak, evcilleştirmenin ilk evrelerinde gıda kaynağı olarak kullanılmalarının ardından, bir taşıma aracı olarak kullanılmış, özellikle koşum takımlarının keşfi ile insanların kısa sürede uzun mesafeleri kat edebilmelerine imkan vermişlerdir. Bunun sonucu olarak insan göçleri hız ve devamlılık kazanarak yeni yerleşimlerin kurulmasını ve kültürlerin yayılımını hızlandırmıştır. Göçlerin ve ticaretin yanı sıra atlar savaşlarda da kilit rol oynamış, evcilleştirmelerinden kısa süre sonra savaş enstrümanı olarak kullanılmaya başlanmışlardır. 

Anadolu’nun antik atları ile ilgili bilgiler oldukça kısıtlıdır ve neredeyse tamamen zooarkeolojik buluntulara dayanmaktadır. Bu bilgileri test edecek, destek olacak ve yeni bilgilerin edinilmesinde kullanılacak en iyi yöntemlerden birisi arkeogenomik yaklaşımdır. Arkeogenomik yöntemler antik örneklerden DNA izole edilmesine ve elde edilen bu DNA parçalarının dizilenerek hesaplamalı biyoloji ve popülasyon genetiğine dayanan tekniklerle analiz edilmesini içermektedir. Önerilen proje arkeogenomik yöntemlerle Anadolu’nun farklı antik yerleşim yerlerinden elde edilecek geniş bir zaman dilimini temsil eden at örneklerinin incelenmesini, Anadolu’da at evcilleştirmesine dair izlerin aranmasını, bu antik yerleşim yerlerinde yetiştirilmiş atların kendi içlerinde ve birbirleriyle olan genetik yakınlığının belirlenmesini, Anadolu’nun genel at popülasyon demografisinin aydınlatılmasını ve atlar üzerinde pozitif yönde seçilmiş özelliklerin tespit edilerek antik insan toplumlarının ihtiyaçlarının saptanmasını amaçlamaktadır. 

Antik at DNA’sı üzerine yapılan çalışmalar son yıllarda hız kazanarak en az insan antik DNA’sı çalışmaları kadar önemli bir araştırma sahası haline gelmiştir. Bu alandaki çalışmalar ilk olarak mitokondriyal DNA profillerinin çıkarılması ile başlamış, daha sonra spesifik gen bölümlerine odaklanılmasıyla devam etmiştir. Günümüz itibariyle at mitokondriyal DNA’sı, dolayısıyla ana soyununl hareketliliği derinmelesine çalışılmıştır. Buna karşın antik at tüm genomu çalışmaları henüz emekleme aşamasındadır ve halen katkıya açık durumdadır. Önerilen projenin tüm genom dizileme hedefi hem at evcilleştirmesi hem de evcilleştirilmiş atların yayılımı açısından ihtiyaç duyulan katkıyı sağlayacaktır. 

Anadolu’dan antik at DNA verisinin yok denecek kadar az olması bu çalışmanın birincil önemini ortaya koymaktadır. Önerilen projenin desteklenmesi, antik at DNA’sı çalışmalarında büyük bir boşluk olan Anadolu coğrafyasının çalışılmasına imkan verecektir. Bu çalışma at evcilleştirmesine dair kritik soruların cevaplanmasını sağlayacak, dünya genelinde bu evcilleştirmenin nasıl gerçekleştiğine dair bilgi birikiminin zenginleşmesine önayak olacaktır. Projenin bir diğer hedefi olan Osmanlı dönemi atlarının incelenmesi de bu dönem atlar hakkında yapılmış ilk arkeogenomik araştırma olarak literatüre kazandırılacaktır. 

Anadolu’nun önemli bir coğrafya olması, bu coğrafyada gerçekleşen hayvan evcilleştirme ve yetiştirme uygulamaları hakkında birçok sorunun akla gelmesine sebep olmuştur. Bu sorulara arkeogenomik cevaplar sunabilmek için en akla yatkın yöntem antik at örneklerinin tüm genom analizlerinin gerçekleştirilmesidir. Bu analiz için şu basamaklar takip edilecektir: (1) Kazı yerlerinden elde edilecek at kemik ve diş örneklerinden DNA izolasyonunun gerçekleştirilmesi ve Illumina HiSeq platformunda ön dizilemenin gerçekleştirilmesi; (2) Ön dizi verilerinin referans at genomuna hizalanması, at DNA’sı oranlarının ve antik DNA’ya özgü hasar bilgisi ile kontaminasyon oranlarının belirlenmesi; (3) Yüksek oranda antik at DNA’sı içeren örneklerde 20.000 TNP bölgesinin bu TNPlere özel hazırlanan problar ile yakalanması ve bu TNP bölgelerinin derin dizileme işlemine tabi tutulması; (4) Derin dizileme verilerinin referans at genomuna hizalanarak seçilen tekil nükleotit polimorfizmlerine (TNP) göre bireylerin genotiplerinin belirlenmesi; (5) Belirlenen genotip verisi ile Fst, f3 ve f4 gibi popülasyon genetiği istatistikleri hesaplanarak antik yerleşim içi ve yerleşim yerleri arasında genetik yakınlık ve süreklilik analizlerinin gerçekleştirilmesi; (6) Genotip verisinin ata ait yayımlanmış fenotip-genotip haritaları ile birleştirilmesiyle geçmiş at fenotiplerinin belirlenmesi, at evcilleştirmesi ve ıslahı esnasında pozitif seçime uğramış fenotiplerin tespiti; (7) Elde edilen verilerin kendi içinde ve literatür verileri ile kıyaslanarak at evcilleştirmesi, Anadolu’da evcilleştirme uygulamaları ve seçilime dair çıkarımların yapılması. 

Grubumuzun daha önceki çalışmaları Neolitik gibi oldukça eski dönemlerde yaşamış insan, koyun ve keçi kemik ve diş örneklerinden DNA izole edilebildiğini ortaya koymaktadır. Önerilen projenin desteklenmesi at arkeogenomiğinde Anadolu’nun yerini ortaya koyulmasını sağlamış olacak, insan-hayvan etkileşiminin genomik düzeyde incelenmesine imkan sağlayacak ve zooarkeolojik verilerin desteklenmesi için eşsiz bir kaynak yaratacaktır.