Akademik Veri Yönetim Sistemi
Erman B., Özen A. O.(Yürütücü), Fırtına S., Erzik C.
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2023 - 2025
İnflamatuar
barsak hastalığı (IBD), gastrointestinal sistemin kronik inflamasyonu ile
karakterize ve tipik olarak Crohn hastalığı veya ülseratif kolit olarak ortaya
çıkan zayıflatıcı bir hastalıktır. IBD, özellikle Asya ve Orta Doğu'daki yeni
sanayileşmiş ülkelerde, insidansı küresel olarak arttığından bir pandemi olarak
ortaya çıkmaktadır. İnsan ve hayvan çalışmaları, IBD'nin, genetik olarak
duyarlı kişilerde kommensal bağırsak mikrobiyotasına karşı düzensiz bağışıklık
tepkilerinin sonucu olduğunu göstermektedir. Bireyler Genom çapında
ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) birkaç IBD duyarlılık lokusunu tanımlamış
olsada, bu çalışmalar ağırlıklı olarak Avrupa kökenli kohortlardan ve Doğu Asya
popülasyonlarından birkaç küçük çalışmadan yapılmıştır. Katar'dan IBD ile
ilgili genetik veriler ve diğer Orta Doğu ülkeleri eksiktir. Bu araştırma
önerisinin genel uzun vadeli amacı, potansiyel olarak etkilenen moleküler
yolları belirlemek ve kişiselleştirilmiş bakım için hedefli tedaviler
geliştirmek için IBD hastalarında hastalığa neden olan ve genetik duyarlılık
varyantlarını belirlemek ve doğrulamaktır. Katar'da yaklaşık yarısı Katar
Vatandaşı olan yaklaşık bin IBD hastası var. Ayrıca erken başlangıçlı IBD'li (6
yaş altı), ciddi refrakter hastalığı ve/veya birden fazla etkilenmiş aile üyesi
olan yaklaşık yüz hasta vardır. Ayrıca, ülkemizde, erken başlangıçlı IBD
hastalarını çalışma boyunca saptamaktamış olacağız. Erken başlangıçlı, şiddetli
refrakter veya ailesel hastalığı olan hastaların monogenik bir IBD formuna sahip
olma olasılığı daha yüksektir, bu nedenle bu bireyleri tüm genom sekansı (WGS)
ve hastalığa neden olma potansiyeli olan zararlı, nadir varyantları tanımlamayı
planlıyoruz. Hasta aile üyelerinin Sanger dizilemesi ile mutasyonlar
doğrulanabilir ve kalıtım modu doğrulanabilir. Hastalığa neden olan aday
mutasyonlar, bozulmuş moleküler yolakları ve bunların hastalığa nasıl katkıda
bulunabileceklerini belirlemek için işlevsel olarak karakterize edilecektir.
Monogenik İBH formları olan hastalar genellikle daha şiddetli hastalığa
sahiptir ve sıklıkla geleneksel İBH tedavilerine dirençlidirler. Her hastada
bozulan genlerin ve moleküler yolakların belirlenmesi, bu hastalar için
kişiselleştirilmiş, hassas tıp ve hedefe yönelik tedavilerin yolunu açacaktır. Ayrıca
Katar IBD hastalarının tüm genom dizilimini ve her biri için ayrıntılı klinik
fenotipik verileri toplamayı planlıyoruz. Bu verileri kullanarak, Katar IBD
hastalarının aday gen ilişkilendirme analizleri, Katar IBD kohortunun diğer
popülasyonlarda örneğin bu bilinen IBD duyarlılık lokuslarında herhangi bir
popülasyona özgü yeni varyantlar bulunmaktadır. Ayrıca, ortak değişkenler için
bir GWAS ve nadir bir değişken yük testi çalıştırarak Katar popülasyonuna özgü
olabilecek yeni yüksek etkili, IBD ile ilişkili varyantları/genleri tanımlayıp
tanımlayamayacağımızı test edeceğiz. GWAS analizleri için sağlıklı kontrol veri
setimiz olarak Katar Genom Programı (QGP) verilerini kullanmayı planlıyoruz.
WGS ile hangi varyantın nedensel olduğunu daha kesin olarak belirlemek ve
hastalıktaki rolünü mekanik olarak yorumlamak için donanımlı olacağız. Ek
olarak, IBD tedavisi için yaygın olarak kullanılan ilaçların etkinliğini veya
toksisitesini etkilediği bilinen varyantlar için Katar WGS verilerini taramayı
ve yeni keşfedilmemiş ilişkileri test etmeyi planlıyoruz. Bu bilgi, sonuçları
daha iyi tahmin etmemize ve gelecekte Türkiye’de bulunan hastalara göre
tedaviyi uyarlamamıza olanak sağlayacaktır. Toplamda, Türkiye’deki IBD
hastalarında hangi moleküler yolların düzensiz olduğunu anlamak, bu kusurları
hedeflemek veya düzeltmek için gelecekteki terapötikleri geliştirmemizi
sağlayacaktır.