Hox and tale transcription factors in fanconi anemia bone-marrow mesenchymal stem cells: Gene expression and protein interactions

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Kök Hücre Bilimleri A.B.D., Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2018

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: ILGIN ÇAĞNAN

Danışman: Ayşen Özcan

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

HOX/TALE proteinleri doku kimliğinin korunmasında rol oynamaktadır ve bir çok kanserde ifadelerinin değiştiği gözlemlenmiştir. Bu tezin esas amacı, genomik kararsızlıkta HOX/TALE gen ifadelerinin değişip değişmediğinin araştırılmasıdır. Bu sorunun cevaplanması için Fankoni anemisi (FA) kemik iliği mezankimal kök/stromal hücreleri (Ki-MKH) incelemeye alındı. Kalıtsal bir kemik iliği yetmezliği olan FA hastalığı, genomik kararsızlığa bağlı olarak yüksek kanser riski taşımaktadır. Öncelikle, FA ve donör Ki-MKH'leri moleküler ve hücresel düzeyde karakterize edildi. Gen ifadeleri RT-qPCR ile ölçüldü. Farklı ifade olan genin kodladığı proteinin Ki-MKH biyolojisi üzerine etkisi ve FA/BRCA yolağı proteinleri ile etkileşiminin olup olmadığı ko-immünopresipitasyon (Ko-IP) yöntemiyle değerlendirildi. FA hücrelerinin PKNOX2 ifadesinin donörlere oranla anlamlı düzeyde düştüğü ve rTGF-β1 indüksiyonunun PKNOX2 ifadesinde arttışa yol açtığı saptandı. PKNOX2 ekspresyon plazmidi aktarılan BM-MKH'ler karakterize edildiğinde, CD105 seviyesinin ve lateral motilitesinin düştüğü gözlendi. Ko-kültür deneyleri, PKNOX2:MKH ile birlikte kültüre edilen donmuş CD34+HKH'lerin CD34+CD38+ yüzdesinde ve klonojenitisinde artış olduğunu gösterdi. Ko-IP sonrası proteom analizleri, PKNOX2'nin 219 protein ile direk etkileştiğini ve bunlar arasında FA/BRCA yolağı üyelerinin olmadığını gösterdi. Ancak, PKNOX2 interaktomu ile etkileşen proteinlerin NHEJ aracılı DNA çift zincir kırıklarının tamirinde, HKH farklılaşmasında ve G2/M geçişinde rol oynadığı belirlendi. Sonuç olarak, FA Ki-MKH'lerinin PKNOX2 ifadesindeki düşme, hücre siklusunun tutuklanmasına, NHEJ ilişkili gen ifadelerinin artışına ve genomik kararsız bir mikroçevrenin oluşumundan sorumlu olabilir ve hastalarda gözlemlenen hematopoetik bozulmanın altında yatan sebep olabilir.