Kompleks hastalıklarla ilişkili genetik varyasyonun zaman - serisi genom dizileme verilerinde popülasyon genetiği yaklaşımları ile incelenmesi


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyoinformatik A.B.D., Türkiye

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: İdil Taç

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): İdil Yet

Eş Danışman: Gülşah Merve Kılınç

Özet:

Bu projenin amacı toplumda yaygın görülen iki kompleks hastalık olan obezite ve tip 2 diyabet ile ilişkilendirilen genetik yapının Anadolu’da son 10.000 yılda nasıl şekillendiğinin incelenmesidir.

Kompleks hastalıklar, genetik, çevresel ve yaşam tarzı faktörlerinin bir kombinasyonu sonucunda oluşan ve popülasyonda yaygın görülen hastalıklardır (Goddard, Kemper, MacLeod, Chamberlain ve Hayes, 2016). Kompleks hastalıklarla ilişkili genetik yapının anlaşılması için yapılan araştırmalar, aynı anda birçok örnekten yüksek verimli genomik verilerin kısa sürede, daha az maliyetle üretilmesini ve analizini sağlayan yeni nesil dizileme teknolojileri ile ivme kazanmış (Day-Williams ve Zeggini, 2011; Schwarze ve ark., 2020) ve bu gelişmelere paralel olarak genom boyu ilişkilendirme çalışmalarının (GBİÇ) artması ile bu hastalıklarla doğrudan ya da dolaylı şekilde ilişkili çok sayıda varyant keşfedilmiştir (Buniello ve ark., 2019). Yapılan genom boyu ilişkilendirme çalışmaları Avrupa popülasyonları odaklı olduğu için Avrupa dışındaki bölgelerde kompleks hastalıklarla ilişkili varyantların etki büyüklüğü, risk alelleri ve risk alel frekanslarının dağılımı hakkında daha az sayıda literatür vardır (Popejoy ve Fullerton, 2016; Mills ve Rahal, 2019; Wojcik ve ark., 2019). Kompleks hastalıklarda, minor alel frekansı %5’ten yüksek ve hastalık üzerindeki tekil etki büyüklüğü düşük olan varyantların poligenik kalıtımla kümülatif olarak hastalık riskini arttırdığı bir süreç görülür (Giudicessi ve Ackerman, 2013). Hem hastalıkların toplumdaki yaygınlığı hem de hastalıklarla ilişkili varyantların frekansının ortalama veya yüksek olması düşünüldüğünde hangi evrimsel güçlerin bu hastalıklarla ilişkili genetik varyasyonu ortalama frekansta tuttuğu ve böylelikle bu hastalıkların neden günümüzde yaygın olabileceği evrimsel biyoloji alanında temel sorulardan biridir. Bu projede çevresel ve kültürel faktörlerden etkilendiği bilenen (Gorlov, Gorlova ve Amos, 2015) ve günümüzde ülkemizde yaygın bir halk sağlığı problemi olan obezite ve tip 2 diyabet (Erem, 2015; Satman ve ark., 2013) seçilmiştir. Bu iki hastalıkla ilişkili genetik yapının son 10.000 yıllık süreçteki değişimi, özellikle insan popülasyonlarının diyetlerinde, kültürel ve sosyal ilişkilerinde büyük değişimler yaşadıkları Neolitikleşme süreciyle (Gluckman, Low, Buklijas, Hanson, Beedle, 2011; Kılınç ve ark., 2016) beraber nasıl değiştiği, paleogenomik yaklaşımlarla farklı popülasyon genetik modeller altında incelenecektir.

Çalışmanın sonucunda günümüzde yaygın görülen iki hastalık olan obezite ve tip 2 diyabetin kökenleri üzerinde uzun süre tartışılan hipotezlerin test edilmesi ve genler, beslenme ve hayat tarzı arasındaki uzun süreli etkileşimlerin etkisinin ortaya çıkarılması hedeflenmiştir.