Yeni bodıpy-kinolin diyad türevinin fibrinojen/HSA ile biyofiziksel etkileşimlerinin teorik ve spektroskopik yöntemler kullanılarak incelenmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, KİMYA ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2026
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: PELİN TEKİZ
Danışman: ELMAS GÖKOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Sunulan çalışmada, BODIPY (bor diflorür-dipirrometan) yapısını içeren yeni bir kinolin diyad türevi (Bdp olarak kısaltılmıştır) sentezlenmiş ve spektral yöntemlerle karakterize edilmiştir. Türevin fibrinojen ve HSA (insan serum albümin) proteinleri ile olan biyofiziksel etkileşimleri; UV absorpsiyon, kararlı hal ve üç boyutlu (3D) floresans spektroskopik yöntemlerin yanı sıra moleküler kenetlenme gibi hesaplamalı yöntem ile de incelenmiştir. Floresans titrasyon ölçümleri, bağlanma mekanizmasının floresans özellik göstermeyen Bdp-Fib/HSA komplekslerinin oluşumuyla birlikte birleşik (statik ve dinamik) floresans sönüm mekanizması içerdiğini göstermiştir. Bdp'nin her iki protein ile etkileşimleri pH 7.4 PBS ortamında çalışılmış; bağlanma özellikleri, termodinamik parametrelerin (H, S and G) büyüklüklerine ve işaretlerine dayanarak farklı sıcaklıklarda değerlendirilmiştir. H (-62.27 kJ/mol) ve S (-83.03 J/molK) değerlerinin her ikisinin de negatif olması, Bdp-fibrinojen kompleksindeki bağlanma türlerinin temel olarak van der Waals kuvvetleri ve hidrojen bağlarını içerdiğine işaret etmiştir. H (240 kJ/mol) ve S (920.0 J/molK) değerlerinin her ikisinin de pozitif olması ise Bdp ve HSA arasındaki bağlanma modunda hidrofobik etkileşimlerin hayati bir rol oynadığını göstermiştir. FRET yöntemine göre, fibrinojen/HSA ile Bdp arasındaki bağlanma mesafesi (r) 3.642/3.47 nm olarak hesaplanmıştır; bu durum proteinden Bdp'ye ışımasız enerji transferi gerçekleştiği anlamına gelmektedir. Ayrıca, Bdp'nin biyolojik aktivitesi, deneysel sonuçlarla iyi bir uyum sergileyen iki proteinle etkileşimleri üzerinden teorik hesaplamalı moleküler kenetlenme sonuçları ile incelenmiştir. 3D floresans spektrumları, türev-protein etkileşiminde, proteinin yapısında konformasyonel değişim meydana geldiğini göstermiştir. Sunulan floresans sönüm yöntemi ile Bdp'nin protein ortamında tayini için analitik değerlendirmelerde, gözlenebilme sınırı (LOD) sırasıyla fibrinojenli ortamda 2.597x10 -6 M, HSA ortamında ise 3.179x10 -6 M olarak hesaplanmıştır. Bu çalışma ile BODIPY ve benzeri analoglarının veya ilgili diğer yapıların moleküler düzeyde biyomoleküllerle etkileşimleri ve bağlanma ilgileri hakkında önemli bilgiler sunacağı amaçlanmıştır.