Genomik yöntemlerle çözülemeyen diamond-blackfan anemisine sahip bireylerde RNAseq ile genetik sebebin araştırılması

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, BİYOENFORMATİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2026

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: GÜLÜZAR NUR KARAHAN

Danışman: ARDA ÇETİNKAYA

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Diamond-Blackfan Anemisi (DBA), genellikle ribozomal protein (RP) genlerindeki fonksiyon kaybı mutasyonları ile ilişkilendirilen, eritroid öncüllerinin olgunlaşma eksikliği ile karakterize nadir bir ribozomopatidir. Bu tez çalışmasında, literatürdeki bu genel tablonun aksine, RPL5 genini de içeren geniş bir genomik duplikasyona sahip bir hastada fonksiyon kazancı mekanizmasının, transkriptomik düzeydeki sonuçlarını ve hastalık mekanizmasıyla ilişkisini aydınlatmak amacıyla RNA dizileme (RNAseq) yöntemi kullanılmıştır. Hasta ve ebeveynlerinden elde edilen verilerde; diferansiyel gen ifadesi, gen seti zenginleştirme, alelik dengesizlik ve anormal splicing analizleri gerçekleştirilmiştir. Bulgularımız, duplikasyon bölgesindeki genlerin ifadesinde belirgin bir artış olduğunu göstermiştir. Bu artışın ve bölgedeki alel dağılımının genomun diğer bölgelerin anlamlı derecede farklı olduğu, Monte Carlo permütasyon tabanlı testler ile istatistiksel olarak doğrulanmıştır. Duplikasyon bölgesi dışında kalan diğer RP genlerinde de telafi edici bir mekanizma olarak aşırı ifade saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışma, genomik düzeyde tespit edilen bir duplikasyonun fonksiyonel etkilerini kanıtlamak için RNAseq analizinin gücünü ortaya koymaktadır. Transkriptomik veriler, RP genlerinin dengesinin bozulduğunu açıkça göstermekte ve DBA patogenezinde alışılagelmiş fonksiyon kaybı bozuklukların aksine, RP genlerindeki fonksiyon kazanımının da hastalığa yol açan bir mekanizma olabileceğini ortaya koymaktadır.