Bağlanma modlarının eldesiyle öncü bileşik keşfine yönelik sanal tarama iş akışı oluşturulması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, BİYOİNFORMATİK ANABİLİM DALI (DİSİPLİNLERARASI), Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2026
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: EMİNE YEKTA YILMAZ
Danışman: TUNCA DOĞAN, ABDURRAHMAN OLĞAÇ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:İlaç etken maddelerinin keşif ve geliştirilmesine yönelik yürütülen çalışmalarda en kritik aşamalardan biri, ilgili bileşiğin moleküler seviyede hedefe bağlanmaya yönelik farmakodinamik özelliklerinin belirlenmesi ve iyileştirilmesidir. Bu nedenle hedef proteinlerin moleküler düzeyde tanınması ve bağlanması, bileşik geliştirme çalışmalarının merkezinde yer alır. Fizik temelli yaklaşımlar uzun yıllardır temel araçlar arasında yer alırken, yapay zekâdaki gelişmeler bu alandaki ilerlemeyi hızlandırmıştır. Bu çalışma kapsamında, uygun farmakodinamik ve farmakokinetik özellikler taşıması beklenen, sentetik olarak türevlendirilebilir yeni öncü moleküllerin fizik temelli ve yapay zekâ güdümlü sanal tarama yaklaşımlarıyla belirlenmesini sağlayan bir iş akışı oluşturulmuş ve uygulanmıştır. Süreç boyunca hedefe özgü bağlanma özelliklerini değerlendirmeye yönelik modeller geliştirilmiş ve sanal tarama akışları optimize edilmiştir. Taramalar sonucunda elde edilen aday bileşiklerin hedefle yapısal uyumu, bağlanma kararlılığı ve etkileşim dinamikleri ise moleküler dinamik temelli değerlendirmeler, bağlanma enerjisi analizleri ve protein-ligand birlikte katlanma davranışını inceleyen ek yapısal doğrulama adımlarıyla desteklenmiştir. Ardından hedef olarak belirlenmiş çözünebilir epoksit hidrolaz için en umut verici aday bileşikler seçilmiş ve biyolojik deneyler ile değerlendirilerek hesaplamalı iş akışının tahmin gücü doğrulanmıştır. Çalışma sonucunda literatürde yer almayan, ilaç benzeri özellikler taşıyan ve fikri sınai mülkiyet haklarının korunmasına uygun yeni kemotipler elde edilmiştir. Ayrıca geliştirilen yaklaşımın farklı biyolojik hedeflere uyarlanabilir nitelikte olduğu ve çok yönlü yeni araştırmalara temel oluşturabileceği gösterilmiştir.